吴三桂在军事上的接连失利，导致内部军心动摇，士气低落，高层将领互相倾轧。吴三桂的心腹大将高得捷跟韩大任之间的矛盾爆发，最终招致他们兵败，或死或降。
高得捷十分骁勇敢战，通晓军事，所将部卒都是精兵，临战向以少击多，是三桂的一支劲旅。康熙十五年二月，他奉三桂之命，率数万之众进攻江西重镇吉安。此时，清军正以全力进攻江西萍乡、袁州(宜春)两处要地。三桂便乘此空隙，对吉安发动了攻击。仅数日，高得捷便将吉安攻陷。吉安对清军“关系最重”，康熙皇帝严令夺回。清重兵攻吉安，高得捷“死守”，至六月，清军“尚未克复”。一次，得捷只率百余骑出战，竟把清军杀败！
高得捷夺取战略要地吉安，切断了江西通广东的道路，迫使江西清军无法进入广东。他能战能守，不愧称一骁将！与高得捷形成对照的是，防守萍乡的吴三桂的女婿夏国相。夏国相于康熙十五年二月十六日，被和硕安亲王岳乐统帅的满汉大军攻破十二寨，歼灭万余人，他本人弃印败逃，将萍乡丢给了清军。本当重治其罪，吴三桂竟宽容，仅削去两级了事。
更为严重的情况是，高得捷与韩大任之间的矛盾日益尖锐。韩大任职位本在高得捷之下，起初尚能奉命谨慎。但他也不甘心居下，得机会就想巴结三桂的权势人物。他们曾在吉安清副将色勒故宅中获取窖金数万两，韩大任将此事报告了胡国柱。胡国柱就给高得捷写信，说：“我兵缺饷，公所得窖金，可借支佐军。公立大功，何患不富！他日将百倍偿还。”高得捷得信，怏怏不乐，恨大任卖己。大概巴结有效，吴三桂晋升韩大任为“扬威将军”，其地位与高得捷相等，便跟高得捷分庭抗礼。高得捷深感受辱，郁郁成疾，不久，病死于吉安。于是，韩大任独掌吉安兵权。
韩大任每天以诗酒自娱，对军事不说一句话。满清为夺回吉安，命简亲王喇布率江西总督董卫国等十万之众围困吉安。韩大任惧清军势大，不敢出战，闭门坚守。吴三桂得知吉安被围，急遣大将马宝、陶继志、王绪率九千人增援。马宝先派人混进城，通报援兵消息。大任说：“我听说马帅已降清，你来真伪不可知。”来人说：“马帅已虑及此，临行，嘱我以‘棒槌’两字示信。”韩大任沉默良久，才说：“马帅如真来增援，可到城下，免去胄帽，有头发在，我当出面会他。”马宝进兵，因受阻于江水，不能达于城下，而城中却寂然无一炮相应，他疑惑，不敢前进，便向后退兵。清军乘机追击，先攻王绪大营，马宝与继忠挥军救援，都被清军击败。救援无效，退还湖南。
马宝等援救失败，而吴军在其他战场也日益吃紧，无法再向吉安增援。吉安属要地，倘失守，将对吴军产生严重影响。吴三桂非常忧虑，计无所出，一天天拖下去，而韩大任及其将士日日盼救兵，终不见一个人影！清军重重包围，攻不进去，就以断其粮饷相持。清军围困吉安已达二百余天，三桂不能救，城中粮饷早已断绝，将士饥饿，眼看支持不下去了，韩大任决计弃城逃跑。康熙十六年三月二十一日夜，大任率残部悄悄出城南门，渡白鹭洲，然后发射大炮，击鼓，清军以为劫营，各营兵惊扰，惶乱不止，至天亮，始知大任逃跑，但惧怕韩大任兵精，不敢追，任其逃遁。
康熙十六年三月，平定三藩形势进一步好转，尚之信再次上“密疏纳款”。康熙皇帝得报，立催康亲王杰书“速进广东”。经王大臣会议，责成“镇南将军”莽依图率部入粤。
莽依图于四月二十四日自江西赣南统兵赴粤。二十九日，抵达江西与广东交界的南安(江西大余)，叛将严自明献城降。清军进入广东，取南雄，直抵韶州，假降孙延龄的傅弘烈“迎降”。尚之信即于五月四日率省城文武官员及兵民“归正”，特派他的弟弟尚之瑛代表他到韶州“迎接王师”。
圣祖便把尚可喜亲王爵给他承袭，赐金册，其文曰：“……后粤东煽乱，平南王尚可喜自闻兵变，忧郁成疾，始终未改臣节，逐致殒逝。子之信感戴国恩，克成父志，屡次密奏，约会大兵进粤，率在省文武官吏及士绅军民倾心归正，市肆不惊，恢复粤省，绥定疆，忠贞可嘉，劳绩茂懋著。特命尔之信袭平南亲王，锡以册宝。尔其承兹宠命，益茂勋庸，钦哉。”
由于尚之信采取主动行动，率先归正，广东文武大吏纷纷投诚。原任两广总督、与之信一起“从叛”的金光祖，密约心腹，杀死叛将雷孚言；逮捕三桂任命的总督董重民，“决意归正”。被三桂任命为广东巡抚的冯甦，早与之信“协谋归正”，受到朝廷嘉赏，重新任命为刑部侍郎。接着，原任高、雷总兵官祖泽清也率所属官兵投诚。
尚之信和地方大吏主动投诚，广东省内已叛的将官不再抵抗，马上准备投降。所以，清军在广东几乎没遇到任何抵抗，就消除了叛乱，圣祖对此深表满意，说：尚之信“素怀忠荩，思报效国家，朕已知之，举广东全省归诚，民免汤火之患，深为可嘉”圣祖对之信亦完全信任，指示他如广西也能“反正”，可率兵分三路进剿吴三桂。随后，圣祖作了进一步部署，命简亲王喇布取衡州、莽依图取湖南、尚之信等取广西。
清军进粤，尚之信归清，深深地震动了吴三桂。他感到后路有被切断的危险，处于腹背受敌的境地。为巩固后方，他派出七员大将，统率三万人马进至湖南与广东交界的宜章，企图分兵进攻广东乐昌、江西南安，夺占两城，进而夺韶州，控制交通线。韶州居五岭之脊，是江西与广东的咽喉之区，为兵家必争之地。吴三桂大将马宝、胡国柱等率领劲兵数万，于七月五日向韶州发起了大规模进攻。攻势猛烈，志在必得。清军统帅“安南将军”舒恕急遣副都统赫勒布率满汉官兵赴援。圣祖闻报，指示尚之信与“镇南将军”莽依图等速率兵赴韶州，舒恕亦相应应援，必保韶州，不得丢失。
在短短的一年多时间里，清军从战略上已实现了对吴三桂的外线大包围。这就是从浙江、福建、江西、广东、广西等省的东南沿海至南部，形成了半圆形的包围圈。而西北王辅臣归降，与南部诸省又形成南北进逼的态势。至于四川叛军，已被清军切断了它与吴三桂大本营的联系，陕西汉中、兴安的叛军局限一隅，处于清军的严密监视之中，束手待毙。
在基本完成对吴军的外线包围后，清军在内线开始向湖南推进，仍取南北夹攻之势：北以岳州、长沙为攻击重点，南则从广东、江西进兵，目标取衡州。康熙十六年十一月三日，“征南将军”穆占率部进至江西永新，矛头直指临近江西省前湖南的茶陵。它是“江西门户重地”，“江西通省、所系维在茶陵”。夺取茶陵，便可打开通向湖南之路。吴三桂于十一月六日进驻衡州。茶陵位于衡州之东，两地距离甚近，有水路之便，从茶陵乘船，顺洣水而下，经攸县，进入湘江，转向南行，可直入湘江之畔的衡州。因此先取茶陵，可威胁三桂的重镇衡州。十一月十四日，穆占领兵自永新进兵茶陵，守城的吴军已弃城逃跑，清军不战而得。穆占得茶陵，马上命令都统宜理布等领兵追剿，吴军已奔入茶陵北，洣水岸边的攸县城，据河岸迎战，清军奋力冲击，夺取城门，吴军弃城而逃。此役歼灭吴军四千余人。三桂一失茶陵、攸县，很快陷入困境，“馈饷不给，军士胥怨，民多远避。”十二月十四日，都统觉罗画特等率清军攻克了湖南北部、邻近江西的平江。平江处岳州与长沙之间，清军可南可北，从中可断吴军南北联络。
清军从茶陵、攸县打开了从湖南的东南部进兵的缺口，并迅速扩展战果，加大缺口。清兵已占领的这十余个城镇，决意守住。统帅部不惜派驻重兵，这对即将发起向湖南的总攻击是至关重要的。考虑到茶陵为军事重地，将军穆占派驻满汉兵，“有满兵每佐领四人”及总兵官赵应奎与穆占所领的湖广绿旗兵，还留下简亲王喇布兵的一半，“为数不少”，约计在万人以上。其他地方也都拨出强兵劲旅据守。清兵已在湖南东与南部开辟战场，建立了稳固的据点。正在衡州的吴三桂已处于清军的进逼之中。
吴三桂手下大将韩大任逃出吉安重围，奔宁都、乐安诸处屯扎。又逃往万安、泰和等处，站不住脚，再奔往兴国宝石砦、永丰与庐陵之间，复奔阆川洞、白扬坳。康熙皇帝以韩大任为吴三桂要人，屡次指示简亲王喇布等堵御，必欲将大任剿灭。因此，韩大任逃到哪里，清兵就追到哪里。吴三桂虽知吉安被夺去，韩大任无处安身，也无可奈何，任其逃窜。
韩大任手下有一幕客，原名叫孙旭，充任大任幕客后，改名叫王怀明。他为人机警，颇有谋略，跟大任很要好，深得信任。韩大任从吉安深夜逃出，此计就是孙旭出的。孙旭不想从叛到底，欲说降韩大任。在逃跑中，正赶上九月九日重阳节，孙旭与大任登高望远。便谈到天下形势和未来的前途。孙旭趁机说：“如果广东相连福建，平凉犄角汉中，天下事尚未有定。今闻王辅臣倒戈，耿精忠、尚之信相继归诚。没有广东，则湖南腹背受敌；无平凉，则汉中摇动，四川坐以待毙。安危存亡之机不可不察！”语意深长，韩大任为之心动，道出了自己与孙旭相同的看法。孙旭再深入地解说，大任心领神会。本来，清军一面加紧追剿，一面行文招抚，韩大任早已有意投降。孙旭为他剖析天下大势，他降意益坚。
康熙十七年正月初二日，在江西地名老虎洞地方，韩大任被追剿的清军击败，死6000余人，营寨被烧毁，总兵、副将等300余员被擒杀。韩大任势穷，听从了孙旭的劝告，决定到福建康亲王杰书军前投降。二月间，韩大任及其部将陈尧先、李懋珠等率官员954员、兵13319人至福州，向杰书投降。圣祖命将大任驿送京师，特赦其叛逆之罪，给予良好待遇。三月，清军在万安、泰和等地歼灭韩大任部众4万余，招抚总兵邱大成等300余员、兵丁46000余名。
韩大任携万余名精兵和大批战具降清，清又招抚其部众46000人，总计近6万人。骁将和统帅之一高得捷忧郁而死。这些对三桂来说，是个重大的损失。这一事件，标志着吴三桂集团开始分崩离析，从此急剧走向下坡路。
接着，同月又有吴三桂的水师将军林兴珠密派人至清营约降。林兴珠任吴三桂“亲军水师右翼将军”，精通水战，掌洞庭湖水师，几次同清军水战，兴珠都充任指挥，把清水师打败。他看到吴三桂日益败落，大势已去，密谋降清。他先派部将杨廷言从湘潭至和硕安亲王岳乐军前，投致降书。准降后，岳乐即派副都统甘度海、阿进泰率兵前往湘潭迎接。圣祖得到奏报，当即从优封侯爵，授“建义将军”，留在岳乐军中助剿吴三桂。林兴珠降清，对吴三桂是又一次严重打击。因为林熟悉湖南水道，掌握吴军水师机密，并携带了所属船只和大炮(可惜被前去迎降的甘度海等“尽行焚毁”)，使吴军赖以依靠的水师的优势失去，而给清军增添了实力。此后在长、岳决战中，吴军惨败，与林兴珠之降颇有关系。
吴三桂面临的另一个困难，这就是经济出现危机，粮饷不继。自起兵以来，云南、贵州储积逐渐用尽，又遇到了荒年，收成不好，米价腾贵，一石价高达白银六两，盐价贵至每斤三四两。军需不足，就加税田亩，额征每亩至五六钱。征催严迫，怨声四起。加税不足，又在云南丽江等地，凿山开矿，采取金银，役使苗人万人，土司多怨。当清军深入湖南境内，吴三桂拼力抗拒，“筑垒挖壕，环营列栅，近郊阡陌，悉作战场。遍野榛芜，徒堪牧马”。土地荒废，粮从何出？只有靠搜求，甚至劫掠，来获得军需。吴三桂已失民心，百姓盼王师。吴三桂一方已陷入空前危机之中。
