中国历史上，治河最见成效的时期，要数清朝初年。而康熙朝所以治河大有成绩，在于康熙帝十分敬重清官。最能体现清官聪明才智的事业，乃是“天人合一”治河的事业。清官所要做的只是顺应自然而已，既不必好大喜功，也不可化公为私。历任河道总督，做事极不认真，却要谎报功绩，贪污治河经费。河臣乃是肥缺，在没有自下而上的监督机制的时候，选任清官是惟一可行的方法。康熙帝经过慎重考察，决定起用安徽巡抚靳辅为河道总督。
靳辅上任河道总督之后，立即开始考察河道。为期两个多月，走遍黄、淮、运河干道，然后总结经验写成《河道败坏已极疏》、《经理河工八疏》，提出五项工程，得到康熙帝的同意。
从康熙十七年(1678年)开始，各工程陆续开工。靳辅亲自率领治河官员六十多人，食宿在黄、淮河边，栉风沐雨，不辞辛苦。他很善于学习，无论是幕僚还是缙绅兵民以及工匠杂役，只要有一言可取之处，莫不虚心采纳。他还仔细研究了历代治河经验，认为明朝潘季驯的“筑堤束水刷沙法”，很是可取，便实施采用。本来，沿河百姓就有集资集力共同治河的传统，可是各处都是仅治家乡这一段，有些地方无人治理。又或者由于财力有限，治理效果不佳。然而，一旦由国家治理，地方百姓就依赖国家，不再主动参加。所以治河官吏就强征民夫，弄得河工弊端百出。其实花钱雇工就是了，但官吏们认为征调民夫可以为国家省钱。
靳辅的幕客陈潢是他治河的主要助手。陈潢（1637~1688），字天一，浙江钱塘人。有奇才，无奈时运不济，困于科场，很不得志。流落在邯郸，游览古迹，题壁赋诗，抒发郁闷。靳辅过邯郸吕祖洞，见壁上题诗：“富贵荣华五十秋，纵然一梦也风流，而今落拓邯郸道，要与先生借枕头。”靳辅欣赏其豪迈，寻找作者，即陈潢，一见而成好朋友，以后长期以陈为幕客。从此，陈潢为靳辅出谋划策，办了不少大事。此番治水，靳辅见河道败坏不堪，曾有疑虑。陈潢却认为这正可以有所作为，他鼓励靳辅说，非盘根错节不足以试利器。他的一番话大大增强了靳辅的信心。陈潢日夜奔走在黄、淮、运工地上，心力交瘁，治河官员深为感动，对他尊敬有加，将其视为师长。
靳辅将黄河下游河道疏浚三百里，以所挖泥土加固堤坝，在临水面修坦坡，以减消水流冲击；并根据大臣冀如锡、伊桑阿的提议，在两岸广植柳树，疏浚湖泊；并设闸渠与河相通，以便于蓄洪；又把淮河、运河疏通改造，同时高筑分水岭，以利于分洪；修建水坝以备洪期泄流，等等。
经过三年的努力，黄、淮、运河的治理工程取得了显著的成绩。康熙十九年、二十年，黄河上游暴雨成灾，两次洪水又将河道冲坏多处，靳辅一面组织人力堵塞，一面上书自责，请求处分。
康熙帝派大臣伊桑阿、崔维雅等人前往黄河两岸验看堤工。他们对靳辅的治河功绩视而不见，多方挑剔。崔维雅上书将靳辅治河功绩全部否定，还向皇上建议撤换靳辅。工部尚书萨穆哈又提出让靳辅“赔修”。康熙帝不同意，靳辅是清官，哪里有钱赔修？相互拆台，挖墙脚，是封建社会官场中最常见的现象，防不胜防，如果皇帝又从中推波助澜，清官办事就更难了。所以孔子强调要“亲君子，远小人”。康熙帝算是一个明君，对小人君子的认识基本上是清楚的。但是，君主对臣工们永远有着一种天然的不信任感，这就造成了一种小人亲、君子远的官场环境。多亏康熙帝对靳辅仍比较信任，他认为，若另用一人，则旧官离任，新官推诿，必致坏事。他虽将靳辅革职，但仍予以留用，只是“戴罪督修”限期完工。由此看来，历代河臣大多治河无功，主观原因是官场环境使然。坏也惩罚，好也惩罚，总是受到干扰，干脆就玩忽职守了，这一点，再看靳辅往后的遭遇就清楚了。
靳辅指挥民工，塞决口，筑堤坝，又经过一年苦干，除了海口工程尚未完成外，各项工程多已完工，黄河归于故道。靳辅又在宿迁清河挖一运河，以保漕运畅通。康熙二十二年(1683年)十二月，康熙帝恢复靳辅河道总督职。次年，内阁学士席柱从广东回京，路过黄河，顺便拜访靳辅，视察河工。回京复命时，康熙帝问他河道情况，席柱说：“曾见靳辅容颜憔悴，河道颇好，漕运无阻。”康熙帝**当初没有换掉靳辅，使其能够继续完成河工，不由感慨系之。治国、治水恰如治病，良医治病，治其根本，其效平缓；庸医治病，因病治病，务求速效，饮鸩止渴，在所不惜。治国与治水，只宜求稳步发展，慢慢地收良性循环之功，不必贪短期效益之利。好大喜功，必致偾事，古今一理。
康熙二十三年(1684年)，吴三桂之乱已经平定，台湾也已收复，靳辅治河已经七年，效果如何，康熙帝要亲眼一见。二十三年十月，皇上开始第一次南巡阅河。康熙帝至江苏宿迁、桃源县等地视察治河工程，慰问治河臣民，康熙帝告诫官员们不要侵夺工程费用（这几乎已成惯例，所以特别提醒），又视察了天妃闸工程，与靳辅讨论了治河方略。康熙帝对他的水利知识大为赞赏，问：“治河方略都是你一人谋画，或是另有博古通今之人
靳辅答：“臣的幕友陈潢先生是位奇才，臣治河措施，皆陈潢所赞画。”康熙帝立即将陈潢召来一见，对他印象颇佳，破例赐坐。不久就授他参赞河务按察司佥事道官衔。康熙帝返京之前，又召靳辅入帐，褒扬了他的治河功绩，并赐以亲笔所书《阅河堤诗》。
靳辅又进京奏报须及时抢修的一批工程，请皇上转户部审批。康熙帝下谕：“河工紧要，须及时速修方有裨益，若此等事必待题明议复以后，始行修治，就要贻误工程，以后岁修、急修，河工钱粮即行支取，手续年终再行奏销，始于河工无误。”靳辅凡事先请示后行动，也是迫不得已。因为他无论如何勤勉廉洁，也会有人说三道四。皇帝又喜欢怀疑能臣自专，这就为靳辅治河造成了种种障碍。
崔维雅显然就是张伯行所说的那种妄行己私、变乱成规的不学无术之人。他视察河工之后，写出了《河防刍议》、《两河治略》二书，进呈康熙帝。崔维雅全盘否定了靳辅的治河功绩，他建议拆毁全部治河工程，重新再修。康熙帝也提出了挑浚黄河入海口的方案。靳辅据理力争，带动明珠等重臣也反对挑浚河口，康熙帝见自己的建议受阻，很不高兴。
