此刻团藏的身后突然出现了几个人，看着面前团藏的状态，有人提议对着疾风施展进攻，这个时候团藏直接果断拒绝，团藏比谁都清楚，现在这些人去找疾风就是一个字死。
这边的疾风进攻过一次之后，感觉到自己身体的疾风完全承受不住自己身体的力量，疾风也是没有想到现在的状况，但是疾风一直强忍着，
因为疾风能够清晰地感受的出来周围有团藏的人，所以疾风不能够露出任何的一点破绽，直接上来对疾风施展进攻，那个时候疾风真的是自找没趣，更加重要的一点是什么？
还有一个非常重要的问题，现在疾风根本就没有可能在进行战斗力。
而站在一旁的佐助这一刻看着疾风的眼神真的是不一样了，现在疾风的实力已经颠覆了佐助的三观，要是以前佐助对于疾风的认知是什么状况，仅仅是一个优秀的忍者，知心的大哥，但是刚才的一刀，佐助虽然是站在疾风的背后，
但是这一刻疾风真切的感受到了死亡的恐惧，自己的周围流动的气流，仿佛一把巨大的飞刀，只要自己随便一动，自己的身子恐怕就是身首异处，所以佐助在这一刻非常的震惊看着面前的一切，刚才疾风的那一击绝对不是正常的人难以比拟的。
现在佐助算是真正的人知道疾风的实力，现在算是明白疾风对自己的认可或许真的可能实现。“疾风大哥，没有想到你竟然会这么强大？”
“强，这个世界没有最强只有更强，你现在所见到的忍者太少了，等你长大之后会见到更多的强者，我只不过是沧海一粟。”虽然听了疾风这样说，但是佐助明白疾风的实力可能真的和自己的哥哥一样强大，佐助明白那个人是团藏，是很有可能是和三代目一个级别，疾风自然是没有去理会佐助在想些什么，两人加快脚步返回木叶，疾风感觉到自己身上的伤势在不断的加重，中途基本上是没跑几步就要咳嗽一下，疾风是尽量的克制不让自己的疾病发作，但是有些东西不是疾风能够抵抗的了得，不过最后的结果还是非常不错的，两人最终安全的返回木叶。
这时大蛇丸注意到了一个正在崛起的神秘组织“晓”，于是派兜去调查底细。兜用双面间谍的身份打入晓，成为了蝎的部下，并故意透露了大蛇丸的情报，吸引蝎和佩恩上钩，其实大蛇丸打的是佩恩轮回眼的主意。但佩恩的实力超乎想象，大蛇丸眼看玩砸，于是顺势请求加入晓，为组织效力，恰逢晓组织缺人，就收了这个危险人物，于是大蛇丸又多了个身份—晓组织的“空”。
或许是因兜的助力，或许是因晓组织的资源，这段时间，大蛇丸的科研取得了重大成果，不但秽土转生之术接近完成，而且还开发了一种能够夺取他人身体的禁术—“不尸转生”，虽然这个术的CD长达数年之久，但凭借这个术，大蛇丸已然实现了永生，可以说往后只要他自己不作死，就能够用永恒的生命探寻他想知道的真理。
可惜理性与求知欲并存，当看到鼬的写轮眼，他又按奈不住自己的欲望，正好拥有夺取他人身体的禁术，正好鼬又来到自己的面前，他想要立刻领略写轮眼的风景。结果大蛇丸低估了鼬的实力，冒然发动的攻击被鼬轻易反制，如果不是兜赶来救援，大蛇丸的永生之路恐怕刚开始就要夭折了。
擅自对同伴出手，这晓组织显然是待不下去了，于是大蛇丸又叛离了晓，但很快就遭到了蝎和迪达拉的追杀。这一战可以看作大蛇丸的一次实战演练，这是他初次尝试秽土转生，复活了三代风影作战，虽然效果十分完美，被复活者不但拥有灵魂和生前的力量，而且还有不灭之躯，但控制力却不够，会被轻易挣脱，于是大蛇丸在蝎和迪达拉面前遁走，进行秽土转生之术的改良。
之后又过了数年的积累，大蛇丸实现了当年对兜说的话，他们建立了音忍村，培养了一批忍者，大多是各国流离失所的孤儿，因大蛇丸的意志聚集在了一起。大蛇丸给其中的精锐移植了地之咒印，也就是以君麻吕为首的“音忍五人众”，再加上北方据点的重吾，南方据点的香磷，音忍村的实力迅速壮大，甚至成为了被各国承认的村子，出现在了版图上，当然了，人们并不知道音忍村的首领是大蛇丸。
此时大蛇丸的秽土转生之术也已改良完成，同时找了一个年轻貌美的女性进行了不尸转生，大蛇丸的势力达到了巅峰期，这时，他开始打木叶村的主意了。也许是为了报父母之仇，也许是与团藏有暗中交易，也许是想引发战争，让自己的势力崛起，也许只是想向世人展示自己的研究成果，出于种种目的，大蛇丸动用了全部力量针对木叶。他和君麻吕一起干掉了四代风影，并用易容术伪装，以风影的身份控制了砂忍的力量，趁着木叶中忍考试的契机，以参赛的名义，让音忍和砂忍开进木叶村，而大蛇丸本人，乔装打扮后，也终于出现在了鸣人、佐助的面前。大蛇丸此去木叶，除了守家的重吾和香磷，可以说是倾巢而出了，光是参加考试的就安插了三队人马，一队音忍的炮灰，一队伪装成木叶的兜小队，同时自己也易容后亲自参加考试。
这就是他在剧中第一次登场的形象，多年之后重返木叶，他果然还是惦记着自己的学生红豆啊。至于他亲自参加考试、并遇到佐助显然不是偶然，大蛇丸的转生术使用间隔长达三年，此时已经到期，需要寻找下一个容器。大蛇丸对写轮眼垂涎已久，在晓时就曾对鼬出手，奈何打不过，于是目光自然锁定到了鼬的弟弟，年幼的宇智波家幸存者佐助的身上。大蛇丸此次木叶之行，很重要的一个原因就是为了得到佐助。
中忍考试第二场，大蛇丸很快就找到了佐助一行人，仅凭眼神迸发的杀气就让他们无法动弹。以他的实力，要杀此时的三位主角易如反掌，但他并没有这么做，甚至在发现鸣人是人柱力后，看到九尾的查克拉泄露，他还在上面加了道五行封印。虽然对鸣人来说扰乱了他的查克拉，但对木叶村来说，加固封印显然是一个有利的做法，如果大蛇丸真心想毁灭木叶，应该解放九尾，或是带走鸣人才对呀。
中了封印术的鸣人失去了意识，小樱也不是战斗型忍者，场上只剩下了佐助。佐助还有家族大仇未报，不甘心束手待毙，危机之下写轮眼进化出了双勾玉。大蛇丸饶有兴致的测试了一番佐助的实力，这一段体术较量非常精彩，2003年的作画竟有如此水准，这种人物略微变形，动作粗放得有些抽象，同时注重技巧与忍术、忍具配合的火影式打斗风格，在这里第一次呈现。但佐助的体术还是太稚嫩，很快被大蛇丸打趴，最后佐助利用起爆符制造机会，拉出钢丝，用操手里剑之术加火遁·龙火之术将大蛇丸钉在树上，做了一道木炭烤蛇。
但这套华丽的操作并没有实质作用，大蛇丸面不改色的挣脱了钢丝，用束缚术轻易定住佐助，并在他后颈咬了一口，种下了咒印。这是理论生还率只有十分之一，实际生还率二分之二的天之咒印，寄宿了大蛇丸的灵魂力量，甚至可以从这个咒印中复活。面对全部倒地的三位主角，大蛇丸没有再出手，而是离开了。
在大蛇丸休息时，另一位天之咒印拥有者，他在木叶时的徒弟红豆找上门来。大蛇丸跟她打了个招呼：“好久不见啊，红豆。”但红豆却说：“你已经是被通缉的S级叛忍，哪怕赌上性命，我也要在这里打败你。”大蛇丸淡淡的说：“你办不到。”
红豆用潜影蛇手抓住大蛇丸，并结了双蛇相杀之印欲与他同归于尽，这时大蛇丸的声音从背后响起：“红豆，你想自杀吗？那是替身。”红豆这才发现自己差点与一滩烂泥同归于尽。在咒印的压制下，红豆只能跪地，大蛇丸走到她身前，亲切的抚摸着她的脸颊，看来师徒久别，热情如斯。
一番交流后，大蛇丸离开了，红豆立刻会见三代火影商议对策，此时他们还不清楚大蛇丸筹划了战争，因此只是加强了戒备，并没有中断这场各国大名都来观看的盛会。
后在卡卡西封印佐助的咒印时，大蛇丸再次出现，可能是担心自己未来的身体有什么闪失。看到咒印只是被封邪法印抑制，大蛇丸放下心来，面对卡卡西“同归于尽”的威胁，大蛇丸只是说：“如果你能做到，那就试试。”便头也不回的离开了。其实早在大蛇丸叛逃木叶的时候，还在暗部的卡卡西就曾奉命拦截他，他们之间有过一战，那时大蛇丸无论实力还是气势，都彻底碾压了卡卡西。这么多年过去了，面对大蛇丸，卡卡西还是颇为忌惮。
之后，中忍考试第三场终于开始了，这也是大蛇丸计划中发动进攻的时机。在这场考试中，大蛇丸伪装成风影，堂而皇之的坐在三代火影身边。大蛇丸对三代说：“您的年纪也不小了。该早点决定下一任火影的人选了。”三代大笑着说到：“我觉得自己还能再干五年呢！”他没有发现此时“风影”的眼神杀意已决。
比赛起初看起来一切正常，但暗中大批音忍和砂忍已在木叶村外围集结，兜也伪装成暗部，和其他音忍潜伏在会场，接下来到了我爱罗和佐助的比赛。
我爱罗正是大蛇丸行动的重要一环，原计划是在比赛中释放一尾砂之守鹤，并以此为信号，里应外合，一举征服木叶。可是没想到，比赛中我爱罗竟然被佐助的千鸟所伤，导致无法解放尾兽之力，不得已，大蛇丸只能跳过这一步，直接开始行动。随着兜施展大范围幻术，让会场里的普通人全部陷入沉睡，大蛇丸与三代火影四目相对，杀意夺眶而出。
一枚烟雾弹在看台上引爆，烟雾中，大蛇丸挟持了三代，跳上房顶，同时潜藏在四周的音忍四人众立刻跟上，联手施展四紫炎阵，将木叶的援兵隔绝在阵外，大蛇丸与三代形成了1V1的局面。这时兜和会场内潜伏的其他音忍全部露面，牵制住了卡卡西等人，而村外的砂忍通灵出三头巨蛇，击破了木叶的城墙，攻入村内，木叶村顿时全面陷入战局。
此时三代终于识破了大蛇丸的身份，当年一时仁慈放走的爱徒，现在终于回来要取自己的性命，三代问他：“为什么要进攻木叶？你不是个会因怨恨而行动的人。”大蛇丸说：“我看到会动的东西就觉得有趣，看到不会动的就觉得无趣。我想用摧毁木叶这阵风来转动静止的风车。”两人间的决战正式开始。
一番试探后，三代脱下了斗篷，已是全副武装，看来三代预料到了今天可能会有战斗，而大蛇丸直接使出了刚完成的秽土转生之术。随着对方召唤出写有“初”和“二”的两具棺材，三代暗道一定要阻止第三具，第三具写着“四”的棺材果然没有召唤成功，不过这应该不是三代的作用，而是因为四代的灵魂已被封印，无法进行秽土转生。
虽然四代没有召出，但光是初代和二代就不是他能对付得了的，所幸大蛇丸的这次秽土转生精度不高，与他们生前的实力相去甚远。不过三代已经年迈，实力也是大不如前，以一敌三，无论忍术还是体术都全面落于下风。当三代被树界降临困住时，他用尽全力通灵出了猿魔王，虽然争取到了喘息之机，但仍然毫无胜算。
性命的忍术！就让我们的灵魂一起，在死神肚子里永远斗争下去吧。”
