章太炎在杭州求学的六七年间，时局发生了重大的变化，中国外部受列强侵略和内部腐败的程度日益深重。当1895年章太炎举家迁到杭州时，中日甲午战争的炮声响起，中国军队的惨败，使这个年近三十的读书人坐不住了。
中国在鸦片战争之后，也曾努力振作，于是有了洋务运动，提出了“富国强兵”的口号，用的是所谓“以夷制夷”的方法，从外国买来坚船利炮，抵挡外国侵略。中日甲午战争就是对他们这支洋装备的军队的一次检阅。结果，李鸿章自称有“深固不摇之势”的北洋水师竟全军覆没了。日本人强迫清政府签订了《马关条约》，将台湾省等大片领土割让给日本，赔偿二万万两白银，并同意日本资本在中国自由投资。更可怕的是，其他列强看到日本占如此大的便宜，都要求“利益均沾”，纷纷扩张在华势力，中国面临被瓜分的危险。
中国人民的失望是可想而知的。本来指望凭着这场战争的胜利，一雪多年的耻辱，从此国运勃兴，独立于天下。现在呢，花了这么多钱搞洋务，却连弹丸之地的日本都打不过，这到底是为什么呢？是中国军队怕死，还是政府腐败、将领带兵无方呢？
战败的消息传到西子湖畔的诂经精舍，学生们都陷入悲愤之中。章太炎更是彻夜不眠。他奋笔疾书，写下《独居记》这篇文章，既表达了要为国捐躯的志愿，又阐述了自己对形势的看法。文中的“独”字是他找到的一种精神力量。中国社会被很多个小群体割裂，而没有形成统一的力量，急需敢于同世俗相对立的“大独”的精神。这里包含着章太炎对中国社会的看法——人们大多在顾自己的小群体利益，中国战败因此难免。
章太炎开始注意西方的理论，并且能够结合西方的理论和社会现实去阅读古代的典籍。例如，他又认真阅读了《管子》《荀子》《韩非子》，发现这些书中有关社会改革的论述，不少观点正切中时弊。他说：“遭世衰微，寻求政术，历览前史，独于荀卿、韩非所说，谓不可易。”
西方思想的影响和国内形势的急剧变化，促使关心祖国命运的知识分子采取行动。1895年5月，广东举人康有为利用在北京参加会试的机会，联合全国各省应试举人1300多人，发动“公车上书”，呼吁清政府拒签和约，迁都西安、加紧练兵和变法革新。同年8月，康有为在北京创办报纸，组织强学会，宣传变法维新主张。
章太炎读书不那么安心了。他看了变法的主张，心情激昂。天下兴亡，匹夫有责，自己怎能袖手旁观？他的这种状态，俞樾老先生看在眼里，深感忧虑。其实俞老先生本人也关心着国家大事，一天，他在诂经精舍讲起康有为办强学会的事，口气并没有反对的意思，学生们都听得入迷。不过，俞樾的意思是，这些事的确应该有人来办，但他的学生可以不必去插手，只一心讲求学问就行了。
这一年的冬天，康有为路过杭州，将所著《新学伪经考》赠送给俞樾。今文经学派的康有为在这本著作中将《左传》等古文经说成是刘歆伪造，从根本上否定了儒家经典的真实性。俞樾拿着该书对章太炎说：你平常自称是刘子骏的私弟子，这个康有为专门跟刘氏作对，和你的观点如冰炭一般啊。不过这时，章太炎对《左传》的兴趣不如以前那么浓了，他更关心当前的事情。他佩服康有为的政治主张，一时将学术上的争端看得淡了。
不久，康有为又在上海发起组织强学会，因为他觉得上海是知识分子汇集的地方，有利于宣传他的变法主张。学会章程规定：“入会者不论名位学业，但有志讲求，概予延纳。”诂经精舍也收到了会章。章太炎立即汇银十六元，报名入会。
他已经觉得读书生活难以忍受。他曾写信给在武昌的谭献，请他引荐自己，到湖北游学。那时湖北的维新风气也很盛。信刚发出不久，就有个机会。1896年8月，汪康年、夏曾佑、梁启超等人在上海创办《时务报》，以宣传变法为主旨需要人手。夏曾佑向同仁推荐章太炎的学问文章，加之章太炎已报名入了强学会，聘请他去当编辑适得其人。于是他们派人专程到杭州，迎接章太炎去时务报馆工作。
俞樾得知这个学业优秀的弟子要离开他时，心里恋恋不舍。他觉得，章太炎如果再继续钻研下去，学问必得精进；现在一旦抛弃，半途而废，十分可惜。所以他极力劝阻章太炎去上海。
任何理由都不能说服章太炎。他毅然告别了年逾古稀的老先生，离开了苦读七年的诂经精舍，踏上了改革和革命的征程。
