中国开放门户后，上海逐步成为东南沿海最大的通商口岸。康有为在上海设立强学会，因为得到了两江总督张之洞的赞同、资助，一时非常兴盛。一些社会名流如黄遵宪、张謇也列名会中。张謇中过状元，后来办实业，资本雄厚；黄遵宪是著名诗人，曾担任过中国驻日本使馆参赞和驻美国旧金山领事馆总领事。
强学会一面进行政治活动，一面译介西方书籍，并出版报刊，宣传变法。
如此兴盛态势，引起了清廷的不安。学会成立仅一个多月，朝中御史杨崇伊奏劾该会“植党营私”，太后谕旨将北京和上海的强学会封禁。张之洞一看不妙，也停止供给活动经费。虽然此后不久禁令解除，但强学会被迫改为专门负责印书的官书局。黄遵宪等用强学会余款，创办了《时务报》，每旬一期，请文风汪洋恣肆、笔端常带感情的梁启超任总编辑。章太炎来到时务报馆时，该报已经在读者中有相当影响，每期发行约七千份。
章太炎在报上“论说”一栏里发表两篇文章，一篇是《论亚洲宜自为唇齿》，另一篇是《论学会有大益于黄人亟宜保护》。
前一篇文章阐述了他自己对清政府外交政策的看法。当时清廷采取的是亲俄的政策。这是因为中国刚刚败于日本，签订了《马关条约》，割地赔款，数目甚巨，清廷感到心里不平衡；而俄国人历来想独霸东北，不愿日本人插手，于是就开始和清廷做起交易来。这种前门驱狼、后门纳虎的办法，后果可想而知。在章太炎看来，俄国人比日本人更贪婪：“今中国无深长虑，欲一快心日本，密约俄罗斯，以为系援，至于胶州屯军，吉林筑路，齐、鲁与东三省将为异域。悲夫！”他主张中国与日本亲善，以抵抗俄罗斯的扩张。当然这只是权宜之计，外交政策的根本是国家的实力。长远之计是中国要有图强的决心：“发愤图自强，综核名实，使卒越劲，使民恳愿，使吏精廉强力。”
后一篇显然是针对清政府封禁学会而写。中国封建社会统治者一贯采取愚民政策，实行文化专制主义。清政府不但愚弄普通老百姓，而且对有才之士更加以压制摧残，比秦始皇还要厉害：“呜呼！昔之愚民者，钳语烧书，坑杀学士，欲学法令，以吏为师，虽愚其黔首，犹欲智其博士。今且尽博士而尽愚之，使九能之士怀宝而不用，几何其不为秦人笑也？”文章要求清廷对各种学会，“纠之、合之、礼之、养之、宣之、布之，使比于宾萌，上说下教，以昌吾学，以强吾类”。总括一句话就是：革政。否则，必然会造成流血革命的后果。
这两篇文章，引发维新人士的普遍关注。章太炎熟习古代典籍，文中多含故实，雅健宏深，只是文字显得古奥难懂。这正反两方面当时都有人指出，可见给人留下了较深的印象。如谭嗣同在给汪康年等人的信中说：“贵馆添聘章枚叔先生，读其文，真巨子也。大致卓公如贾谊，章似司马相如。”黄遵宪则说：“馆中新聘章枚叔、麦孺博，均高才生，大张吾军，使人增气。章君《学会》，论甚雄丽，然稍嫌古雅。此文集之文，非报馆文。作文能使九品人读之而悉通，则善之善者矣。然如此既难能可贵矣。”总的来说，章太炎是个写文章的好手。
这时，章太炎在思想上同维新派是大体一致的。他很佩服康有为，虽然他们的治学方法明显不同。从他在文章中关于革政和革命的论述中就可知道他还没有想到要用暴力推翻清政府。这时，另一个革命者已经在从事那冒险的工作了。两年前孙中山在檀香山创立了兴中会，一年前在广州发动了武装暴动。
章太炎是在时务报馆第一次听到孙中山的事迹的。1896年10月，孙中山在伦敦被清政府驻英使馆绑架，因为英国政府干涉，才免于押解回国。《时务报》对此作了较详细的报道。章太炎看后问梁启超，孙逸仙是什么人。梁启超说，此人蓄志倾覆满洲，主张革命，是陈胜、吴广一类人物。章太炎从青年时代起心中就有所谓“夷夏之防”，此时觉得孙中山是个同道，“心甚壮之”。但这时，他信奉康有为的主张，认为革政大有可为，革政成功，就能避免革命。
康有为（1858—1927），原名祖诒，字广厦，号长素，又号更生，广东南海人，早年接受了西方思想的熏陶，在鸦片战争后的民族危机中，渐渐产生了变法维新观念。他曾上书光绪皇帝，提出变法主张，虽未被采纳，但获得相当大的声誉。他在家乡开办“万木草堂”，宣讲自己的改良思想，来听讲的弟子中有梁启超、麦孟华等人，后来成为他的得意门生和得力助手。康有为的重要著作《新学伪经考》《孔子改制考》是他变法的理论基础。他认为历来传颂的孔学，实际上是刘歆和郑玄等伪造的，真正的孔学是春秋公羊学和董（仲舒）氏学。后者将孔子视为天生的大圣人，是为万世作师的大教主。孔夫子是伟大的改革家，他提出人类社会三个阶段的构想：据乱、升平、太平。为了达到大同世界，必须改革政治。如此这般，康有为为自己的变法理论披上正统外衣，很能吸引一般士子。但他的理论根据往往显得牵强附会，是今文经学的所谓“微言大义”——自己先有一套想法，再到经书里寻找根据。例如，他说“民权”“议院”等概念在经书里早已有之，《公羊传》里说的据乱、升平和太平三世就是近现代的君主、君民共主和民主共和三种政体。
章太炎对康有为神化孔子的做法非常不满。时务报馆里康有为的弟子占大多数，他们鼓吹立孔教为国教，仿西方以基督生辰纪年方法，以孔子生日纪年。章太炎在同他们的谈话中，多次表示反对这种想法。他越来越看不惯那班弟子崇拜康有为的言行。从康有为的名字上看，有者，广有天下，为者，有所作为，分明是有野心的，这是清廷里反对变法的顽固派的解释，当然是污蔑。但康有为自号“长素”，却也别有一番用意。孔子一生劳碌，有王者之德才，却未得王者之位，后人因此称其为“素王”。长素中含有“素王”的意思。更能说明问题的是，康有为的弟子早已奉老师为教主，自称“超回”“轶赐”——比当年孔门高足颜回和子贡还强。当然，康有为门下也有武功胜过子路的弟子，章太炎不久就尝到了他们的拳头的厉害。
章太炎在给他的老师谭献的信中说：“麟自与梁、麦诸子相遇，论及学派，辄如冰炭……康党诸大贤，以长素为教皇，又目为南海圣人，谓不及十年，当有符命，其人目光炯炯如岩下电，此病狂语，不值一嘘。而好之者乃如桔蜣转丸，则不得不大声疾呼，直攻其妄。”把这班弟子比作屎壳郎，又视为疯子，足见其痛恨！
因此，章太炎来到报馆不多久，双方就开始冲突起来。学问路径不同外，也间杂个人意气。言语不投机，由讨论引起争吵，由争吵终至骂詈和殴打。既然章太炎“直攻其妄”，对方人多势众，岂能忍让。一个与他们观点不和的学者，被梁启超的学生梁作霖斥为陋儒，当面唤作“狗”。麦孟华气量狭小，章太炎说：“会谭复笙（嗣同）来自江南，以卓如文比贾生，以麟文比相如，未称麦君，麦忮忌甚。”
矛盾终于爆发了。1897年4月14日，康门弟子一班人来到报馆，找章太炎算账。梁作霖揎拳捋袖，对章太炎和仲华大叫大嚷说：以前在广东，有人污蔑康先生，他就当着很多人的面将其痛打一顿，今天也要教训教训你们两个！双方大打出手，章太炎这一方当然寡不敌众，颇受了些皮肉之苦。但他也奋起还击，给梁启超一个耳光。
经过这场殴斗，章太炎在时务报馆是待不下去了。他回到杭州，编辑《经世报》。在给老师谭献的信中，他叙述了这次争斗的经过。谭献在日记中评论道：“得章生枚叔书，乱离瘼矣，士人不图树立，无端为门户之争，竭心力而成战国世界，冷眼一笑，热心尤当一笑。”
以章太炎的脾气，遭受这样的侮辱，是不能善罢甘休的。他回到杭州之初，闭门读书，撰写《〈新学伪经考〉驳议》，决心将康有为的学说批倒。他就此事写信给孙诒让，征求意见。孙不赞同康有为的学说，认为若干年后，康有为的观点会不驳自倒，但认为康有为的变法主张是不错的，现在同他争论，影响不好。谭献也持相同的意见。章太炎遂终止了这项工作。
这一年8月，章太炎与宋恕等人创办了《经世报》，在这之前他们成立了兴浙会。兴浙会的成立宣言《兴浙会序》，即由章太炎撰写，刊登在该报创刊号上。在序言中，章太炎列举了浙江历史上五位著名英雄人物，第一个就是在推翻元朝统治建立明朝政权过程中“论功最高”的刘基，此外还有抗击蒙古入侵的于谦、抗击清兵而英勇牺牲的张煌言。人们不难看出其中包含的民族主义思想。正因为如此，兴浙会中一些抱定改良主张的人，不赞成这篇宣言。章太炎坚拒修改，分歧不可调和。无奈，他只好辞去《经世报》总撰述的职位，去编《实学报》。
他在《实学报》上发表的文章，主旨仍是宣传变法维新主张。其中《变法箴言》是较重要的一篇。文中说：“变法者，非口说也，必躬自行之；躬自行之而不可济，必赴汤火、冒白刃以行之。古者改制度、定文章，必乘龛刘之后。”
龛刘意为戡平战乱。从这段话里可以看出，章太炎已经隐约地认识到变法如果行不通，就应该用暴力来实现政权的更迭。
