载垣造反的事已经被平定了，其中的主要头目也已经受到了应有的严惩，叶赫那拉氏的地位逐渐得到了稳固，她几乎成了当时中国独一无二的统治者（东宫太后对政治几乎没有任何兴趣）。不过，垂帘听政的最初几年中，慈禧办事还是比较谨小慎微的，她并没有明目张胆地把持朝政事务，而是把自己的勃勃野心藏得一丝不露。同时，她也抓住每一个表现机会，尽力想取得各位高官大臣们的支持。所以，在这一时期的几乎所有诏书都是以皇帝的名义下发的，慈禧当时的权力可能还比不上她没有垂帘时的情形。她首度垂帘（1861—1873年）可以看作是慈禧太后掌握实权的初始阶段，这让她头一次尝到了权力的魅力，感到很甜蜜，但同时也尽力避免自己不能做得太过分，以致锋芒毕露。而在她二度掌权期（1875—1889年），尽管慈禧太后的名字只是偶尔在诏书中出现，但她实际上已经控制了所有官员的任免权，对待下属她可以说是恩威并施，目的是想赢得官员的爱戴和尊敬。光绪小的时候，慈禧并没有垂帘只是训政，因为他就是慈禧太后本人亲自挑选出来的，而同治皇帝则是由他父亲咸丰帝在遗诏里就指明的。直到1898年到1908年第三次垂帘听政期间（严格地说，慈禧已经不是简单的垂帘听政了，她实际上已经取代了真正的皇帝），慈禧这时可以说是羽翼丰满了。她赤裸裸地表现出自己对权力的疯狂执着的迷恋，由于自己对政权已经耳濡目染了许多年，她便毫不客气地独揽了所有皇权。每天她在皇宫大殿中召见各位大臣百官，慈禧在龙椅上正经端坐，而光绪皇帝就坐她一侧，就是个活脱脱的傀儡，任由慈禧摆布，慈禧俨然已经是当时的独一无二、至高无上的统治者了。
首次登上政治舞台，慈禧当然有所察觉中国人自古就不认同女性当皇帝。连历史上最有功绩的著名女皇武则天都难逃篡位的说法，而为汉朝辉煌盛世打下坚实基础的吕后，尽管德才兼备，却为世人不齿。另一方面，慈禧通晓古今，知道过去的太后独揽大权后往往会走上专权道路，但她权力欲望过盛，仍然决意走这条女性专权的道路。除了三名造反的领头者外，各位大臣还都劝说慈禧用同样的手腕处置他们的同党。恭亲王虽然不是出于报复之心，他至少也一直在挖空心思地想严厉惩办那些进谗言给咸丰皇帝的官员们。但此时慈禧却显示了作为政治家宽容的肚量。她很早就已经非常清楚地认识到一点，不能滥杀，只需要惩治领头者。她深知，饶人一命往往就意味着拉拢一个支持你的人，何乐不为呢？所以，慈禧仅仅是处置了怡亲王同党的一个军机大臣，对其他有罪的她则既往不咎。比如，有人要弹劾礼部尚书陈浮恩，因为最初就是他不顾慈禧反对，第一个竭力上奏要先帝离开京城，逃往热河的。而在咸丰皇帝驾崩后，在京城的所有大臣中也只有他一个被传唤到热河去。而最后，尽管陈浮恩这些罪都已经有真凭实据了，但慈禧还是网开一面，仅仅撤了他的官职了事，并没有给他定罪。1861年春天，还有一位内务府大臣则帮坏人行凶，胡说什么京城要爆发叛乱了，阻止咸丰皇帝返回京城。这个人最后也只是官职被免去了事。尽管当时北京有人想借当权之人搞搞报复，但慈禧都没有滥用自己的权力。在一份诏书中，慈禧说，她只想惩治奸党中的出头者，其他人就不过分追究了。慈禧这个人的最大特点便是，一旦自己的目的达到，她会采取一种非常小心谨慎的怀柔政策：对人宽宏大量。对于载垣造反的这件事，慈禧非常清楚的一点是，载垣和他的同党人士如果没有得到许多大臣官僚的支持，他们是不可能有机会，也不可能有胆量密谋造反夺权的。不过，只要现在没有人公开挑衅她的威严，她不愿意树太多敌人，那样做也是和自己过不去，何必呢？干脆得过且过算了吧。既不偏袒谁也不报复打击谁，保持中立就行。在处理另外一些大事件中，正是由于慈禧的这种宽容政策才使得她在京城百姓和官员心目中树立起了一个仁慈宽容的形象，这一点是她复杂个性中的真实的一面。这样，她成功地揭穿和处理了造反者后，没有对这件事纠缠过多，相反，她劝告在朝的各位大臣，“从此以后，你们要做好自己的本职工作，勤勤恳恳，为人正直，千万不要再犯陈浮恩等人的错了。”在另外一份诏书中，慈禧强调道，知情不报的人和犯罪是没有两样的，她委婉地批评了有些亲王和大臣在事情处理中缩手缩脚，不能及时地揭发造反者，指出这些大臣所缺乏的是胆识和魄力。另外，各位皇亲国戚们要以载垣为首的三个人为前车之鉴，如果再有这类事件发生，处罚一定会比对他们三人更加严厉。
太后垂帘听政，头等大事便是确定新皇帝的年号。当初载垣他们定的年号是“祺祥”，但是太后自己读书比较多，她感觉“祺祥”这两个字不好，而且笔画也比较多。另外，她也希望能把载垣他们“造反”的所有痕迹全部抹得一干二净，她便把年号改成了“同治”，大概也是希望早点能平定南方的叛乱，大清朝能太平地实行同治。其实，对皇帝本人来说，这两个年号没啥区别，后来的事实也表明这一点。
发诏书改年号的当天，东西皇太后共同下发旨意，对自己代替皇帝主持政事的事实假心假意地推脱了一下：
垂帘听政根本不是我们的本意，而是根据各位王公大臣的再三请求，不得已才这样的，因为大臣哪能一天不把国家大事向皇帝禀报呢？这是万万不可的。等皇帝长大成年，完成了他的学业，我们一定会退位，不再替他主持政事，一切大权将全部交给皇帝本人行使。希望大臣和百姓能体谅我们的一片苦心，我们这么做完全是出于无奈，各位大臣将会勤勤恳恳、一心为国，帮助我们一起来治理国家。
随后，皇帝本人亲自下发诏书，对太后说了一些替他主持政事感激不尽之类的话，还说自己等成年后，一定会勤勉治理国家，来报答太后对他的一片苦心。
两宫从垂帘的那天起就被授予了尊号，以表示对她们的尊敬，尊号中的每一个字都会相应地得到由国家拨给她们的十万两白银。太后尊号为慈安，是东宫太后，叶赫那拉氏的尊号为慈禧，是西宫太后。后来在不同的阶段，这两位太后被增加了其他的尊号，每次都是两个字。因此，在慈禧七十大寿的时候她已经有了十六个字的尊号。当时，光绪皇帝（并不是出于真心）又给西太后四个字的尊号，还被慈禧委婉拒绝。慈安太后尊号共计十个字。两位太后在各自三十岁生日时被授予了两个字，在同治皇帝继位时加了两个字，同治得了天花夭折死亡前加了两个字，目的是嘉奖太后“治理国家”有功，两宫太后四十大寿时加了两个字，慈禧五十大寿时加了两个字，光绪结婚时加了两个字，慈禧六十大寿时加了两个字。所以，西太后的最后完整的尊号是——“慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后”。
垂帘开始阶段，叶赫那拉氏尽力提拔恭亲王。她和东宫太后共同任命恭亲王做议政王，还特别给他一个称号叫世袭亲王。恭亲王坚决推辞不接受，不愿意作议政王，太后却极力不同意（后来的事实表明了，西太后并不需要什么议政王，只是虚情假意、逢场作戏罢了）。经过再三推脱，两宫皇太后才同意暂时先不授予亲王这个称号，等时机再成熟一点再说吧，但是恭亲王一定要当议政王。叶赫那拉氏对恭亲王心里一直就非常感激，她从没忘记他在热河冒着生命危险帮助自己的大恩情，所以封了恭亲王的女儿做公主，允许她出门使用黄色的轿子。这位公主对慈禧的影响挺深，尤其是在慈禧晚年时期影响更深。
慈禧垂帘听政的最初时期，对许多政事都不太了解，京城中党派林立，外交上事情也纷繁复杂。她经验不多，年纪又小，所以自然非常看重恭亲王，因为他有丰富的政治经验，慈禧事事都听恭亲王安排，他说什么便是什么。但是，随着时间推移，慈禧耳闻目睹了许多国家大事，她本性专断，开始小露锋芒，不愿意每件事都听恭亲王的了。她通晓史书，加上本人聪明悟性高，渐渐对怎样用人方面有了自己的一套，于是她改了从前事事依赖恭亲王的习惯，开始有些厌恶他了。慈禧性格上格外喜欢独揽大权，一旦她决定下来的事情，就容不得任何人在旁边指手画脚，而恭亲王这个人也难搞定，他的骄傲和独断专行和慈禧有一拼。因此，当年轻气盛的叶赫那拉氏开始有意不采纳他的意见时，他丝毫不掩饰自己的生气，于是两人的关系很快开始恶化。由于慈禧对恭亲王态度有所疏远，恭亲王便开始向东宫太后求助，使得两宫太后产生了小摩擦。另外，在官员任免事情上，恭亲王根本不同慈禧商量便自作主张，擅自提拔袒护自己的门生和同自己关系亲近的人。根据当时的记载，两宫太后垂帘的开始阶段，恭亲王对两宫太后的态度简直达到了野蛮专制的阶段，这个人简直是有了大权在手，就无法无天了。由此在上朝期间，他还很肆无忌惮地对太后说这样的话，如果不是他，太后不可能有今天的好日子。这样大不敬的话慈禧不可能忘记，她也不会轻易就原谅和放过恭亲王的。
召见各位大臣时，两宫太后端正地坐在大殿宝座上，她们的前面挂着一道黄色帘子。每次召见各位大臣，先由议政王领着这些大臣，各位大臣按照官职高低依次进去，他们是看不到太后尊容的。太后宝座的两边都有贴身太监服侍，他们会从帘内向外面窥望，观察是否有大臣失礼。严格来讲，除非有当班的太监传达旨意，否则任何一位官员都不准擅自看到太后尊容。但是恭亲王自我感觉位份高于各位大臣，所以他往往会自作主张地走到黄色帘子后见太后。慈禧上朝越久就越感觉到恭亲王失礼之处过多。比如说吧，念读太后下达的旨意时（这往往由慈禧宣布），恭亲王经常故意把音量提高，甚至有一次当慈禧说完，他还故意假装说没有听清，请太后重复。总而言之，恭亲王态度比较傲慢，没有作为大臣的应有的谦和与恭敬，这一点恰恰是骄傲的慈禧无法容忍的地方。恭亲王住在紫禁城外面，可以没有任何约束地与内外各方保持联系。如果他蓄意的话，他完全可以密谋推翻慈禧政权。另一方面，慈禧在宫内得到的所有消息几乎都是来自于各位太监们，有时难免是道听途说，这使得慈禧的猜疑心日益加重了。因此，慈禧决心要采取某些措施来向恭亲王证明，他目前的地位与权力完全都是太后所赐的，必须识点好歹才行。
慈禧并不是那种一有眼中钉就夜里觉都睡不着的人，她耐心地等待机会。终于在她垂帘的第四年，也就是1865年4月，机会来了。在一次召见禀报奏折期间，搞不清是有意还是无意，恭亲王本来跪着的，陡然擅自起立，这一举动严重违反了基本的宫廷礼仪。按照清宫规定，臣子觐见决不允许起立，以免发生任何危及皇帝的举动。当时，太监立即把所看到的禀报了太后，太后当场大声求救，称恭亲王有不轨企图。侍卫们听到声音赶紧入内，把恭亲王拖出大殿，这才了事。然后，太后颁布了旨意，是说恭亲王竟敢大胆到要篡夺朝中大权，自恃有功，过分骄傲，罢免了他议政王的职务，撤掉了他军机处、内务府的所有职务和总理衙门的差事。旨意内容是，“恭亲王辜负了朝廷对他的一片信任，结党营私，应该及时阻止他的这种错误逆反行为。”
然而，一个月后，慈禧逐渐意识到自己的政治地位并不是那么稳固，而且她对恭亲王的处置在朝中和在各省的官员中都引起了多多少少的不满情绪。于是，两宫太后很快又颁布一道旨意，来对这件事加以解释说明，目的很明了，就是要挽回自己的脸面嘛。在这份谕旨中，慈禧解释自己之所以要严惩恭亲王，都是为国家百姓着想。同时她指出，历史已经反复证明了一点，如果哪位皇亲国戚谋取私利，但朝廷却睁一只眼，闭一只眼的话，其结果是给国家百姓带来不可估量的损失。恭亲王对太后态度不敬，朝廷严惩他，都是为了避免他犯大错误，作出后悔不及的事情。现在，既然一些大臣上奏恳请希望对他的罪过进行宽大处理，朝廷当然也不想责怪他。现在决定恢复他内臣这项职务，仍然继续统领总理衙门。谕旨中还交代，恭亲王既然已经懂得了清宫的礼仪，朝廷暂时不去追究他的过错，但希望他能知恩图报，从今以后，恪守职责，忠心尽好自己作仆人的本份。
慈禧决定好人做到底，一周后又以两宫太后的名义下发旨意。
今天早上，我们允许恭亲王来见我们，承认自己的不是。他趴在地上痛哭不已，我们见了都过意不去，再三劝他，而恭亲王也对自己的罪行忏悔不已，样子让人竟然不免心生些许同情。
我们真是勉为其难地垂帘听政都有四年多了，时间过得真快，真是一眨眼功夫啊。这四年来恭亲王当议政王，他责任很重，整天到晚满脑子考虑的都是朝廷国家，其他大臣哪里比得上他呢？因此，朝廷把希望都寄托在他身上了，一旦他犯错误了，我们也必须对他严厉惩处。现在，他已经承认了错误，只要他有改正错误的决心，朝廷对他没有任何成见，我们所做的一切都是出于公心，没有半点私心。对于他这样一位能力超强的大臣，我们也不希望看他被处罚，朝廷也不愿意失去这样一位得力的大臣啊。所以呢，现在恢复他在军机处的差事。但是他议政王的职务暂时免去，目的为了引起他的注意。希望恭亲王今后能吸取过去的教训，忠心为国家效力，报答恩德，消除不应有的疑虑，千万别辜负我们大家的希望啊。
同一年，也就是在1865年秋天，持续了四年的陵墓修建工程终于正式完工了，现在开始进行咸丰皇帝的大葬礼。和咸丰皇帝合葬的是孝德皇后萨克达。1850年咸丰皇帝继位一个月前，萨克达去世了。十五年来，她的遗骨一直存在京城郊外七英里外的一处乡村的寺庙中。修建陵墓是要耗费巨额资金的，但清政府掏不出腰包，款子筹不齐。通常朝廷国库的大部分收入都来自南方各省，但现在这些地方还被太平天国这伙叛贼占着。根据统计，修建咸丰皇帝陵墓共花掉几千万两银子，但其中很大一部分都被内务府大臣私吞了。
咸丰皇帝大葬的那天，年幼的同治皇帝跟着两宫太后一起去东陵，参加庄严的安葬仪式。一起去的还有恭亲王，他负责修建陵墓和筹集款子的事情，他在做这些事情方面非常尽心，太后对他的满意劲头别提了。咸丰皇帝的棺材都是由梓木做成的，外面涂着厚厚的油漆，刻着佛字。在皇帝和两宫太后的无限悲痛中，咸丰皇帝的棺材被慢慢抬到宽敞的圆顶陵墓中，轻轻安放在镶满了珍贵珠宝的宝座之上。中国过去的皇帝下葬，身边往往都有许多妃子和太监陪葬。而现在都有真人大小的木人或者纸人代替，跪在棺材前面服侍着。随后，点起巨大的蜡烛，僧侣们口念经文，棺材外面放上黄金珠宝之类的东西，陵墓中放满了珍宝摆设。一切安排稳妥后，陵墓的大门缓缓关闭。
第二天，两宫下达谕旨一份，大力夸奖恭亲王做事稳妥、让人放心，对他筹办咸丰皇帝葬礼的功劳表示感谢。
根据慈安皇太后和慈禧皇太后的旨意，恭亲王自从办文宗显皇帝的大事以来，已经有五年过去了，这期间他忠心耿耿，做事有条不紊，一切让人放心。今天，文宗显皇帝和孝德皇后安定陵，仪式结束，大家的悲痛之情溢于言表。恭亲王最近做事无论大小，非常细心，实在没有辜负大家对他的一片希望。今年三月初七在读谕旨时，因为小的理解疏忽，对他的责备严厉了些，还不是因为对他寄寓很大希望嘛？在三月十六和四月十四两天，把处理的结果都宣布了。因为后人不知道其中的因果，所以千万不能乱定他的是非。所以三月初七的谕旨千万不要编入起居注中，我们必须考虑到他一心勤勉为国，对大清王朝的发展，他功不可没。
慈禧太后垂帘听政直到后期的这些谕旨反复有力地说明了一个事实：这个人性情善变。四年后，恭亲王和东太后联合除掉了慈禧宠爱的太监安德海，再一次触犯了她敏感的神经。
