从《中国文学史》的整体结构来看，当中“历时”意识非常薄弱，其基本的限制是由林传甲自己的选择而造成的，因为他要依照“研究文学之要义”顺次论述。这个原则定立以后，林传甲只能在原有各款说明的范围内论述。当中部分项目本来就是讲述各种变化的，例如开首三则：《古文籀文小篆八分草书隶书北朝书唐以后正书之变迁》、《古今音韵之变迁》、《古今名义训诂之变迁》；因此，林传甲“国文讲义”的头三篇也是“变迁源流”的讲述。在这里，林传甲提到“言语亦随时代而变”、“孔子犹随时，此其所以为圣之时”等关乎时间因素的话题（1、26、28）。照理他可以顺流而下，从“历时”角度论述文学，进行真正的“文学史”书写。然而，因为“研究文学之要义”关乎“词章”的骨干部分主要是举列“文体”，而林传甲也照跟着“经、史、子、集”四部分体论述，再加上他自己“变通”的修辞、章法环节，于是，《中国文学史》的“史”的感觉就不强了。
然则林传甲如何理解自己的“国文讲义”与“中国文学史”的关系？如何理解自己标榜的“仿日本笹川种郎《中国文学史》之意”呢？
林传甲在《中国文学史》目次后说：
右目次凡十六篇，每篇十八章，总二百八十八章。每篇自具首尾，用“纪事本末”之体也；每章必列题目，用“通鉴纲目”之体也（目次，24）。
南宋袁枢所创的《通鉴纪事本末》，因事命篇，“每事各详起迄，自为标题；每篇各编年月，自为首尾”，是当时非常受推崇的历史体裁。
林传甲在讲义中也提到：“宋之袁枢，因通鉴以复古史之体，且合西人历史公例”（82）。他在开卷时以史书的体例来比附自己的“讲义”，看来不乏撰史的意识。细究之，原来袁枢“纪事本末”的主要功能在于叙述历史事件的起迄和发生经过，而各篇亦统合于“三家分晋”到“周世宗之征淮南”的数千年历史框架之中，其历史意识一点都不含糊。然而林传甲所谓“每篇自具首尾”、“每章必列题目”，很多时都没有一条“历时”主线贯穿其中；所谓“自具首尾”只是文章结构（“共时”）的首尾，而不是先后经过（“历时”）的首尾。这种比附的方式，大概可以反映林传甲在“命名”上随手摭拾的态度。
在《中国文学史》中最能符合“日本笹川种郎《中国文学史》之意”的部分，是以“集部”论述为主的第十二篇到第十四篇——《汉魏文体》、《南北朝至隋唐文体》、《唐宋至今文体》，依朝代时序排列，其“历时”意味比较明显。第十二篇题下有林传甲的夹注说明：
为史以时代为次，详“经世之文”而略于“词赋”。惟“文学史”例录全文，“讲义”限于卷幅，不能备录（143）。
这才是林传甲的“中国文学史”的体例说明。他认为“文学史”需要载录“词赋”全文；再以此著本身作为“讲义”的限制，解释他的“变例”。事实上，他在这三篇中，乘着原来《奏定章程》以“历时”基准辨体之便，把论述尽量“变通”为“述其源流迁变”；譬如说：
西汉文继《战国策》之后，一变其嚣张谲辩，归于纯正，所以开一代之风气也（143）。
繁钦以后，文体渐靡；嵇康、阮籍以后，文体放恣少法度；而曹社墟矣（154）。
宋初承五代之敝，文体多沿偶俪；杨亿、钱惟演、刘筠之流，又从而张之（175）。
叙论都合乎“文学史”的意识。
此外，第十六篇题目是《骈文又分汉魏、六朝、唐、宋四体之别》；依《奏定章程》的原意，本也是辨识四种骈文的文体。林传甲又加以“变通”，说：“仿第十四篇例，论次至今日为止”，篇中描述由汉到清期间各种骈文文体；其间也包含了文学史发展变化的探析。特别值得注意的是第十六篇第一节《总论四体之区别》，结合了辨体与“文学史”的思考：
文章难以断代论也。虽风会所趋，一代有一代之体制，然日新月异，不能以数百年而统为一体也。惟揣摹风气者，动曰某某规摹汉魏，某某步趋六朝，某某诵习唐骈文，某某取法宋四六。然以文体细研之，则汉之两京各异，至于魏而风格尽变矣；六朝之晋宋与齐梁各异，至于陈隋而音节又变矣；而唐四杰之体，至盛唐晚唐而大变，至后南唐而尽变矣；宋初杨、刘之体，至欧、苏、晁、王而大变，至南宋陆游而尽变矣。吾谓汉魏六朝，骈散未尝分途，故文成法立，无所拘牵，唐宋以来，骈文之声偶愈严，用以记事则近于复，用以论事则近于衍……必欲剖析各家文体而详说之，非举《四库》集部之文尽读之，不能辨也（197）。
这里论说的重点是“变”，着眼于文学发展的流动性，可说是“文学史”的一种重要思路。再者，其论述的语气，又似是向《奏定章程》的“汉魏、六朝、唐、宋四体”划分挑战。可见在林传甲心中，《奏定章程》的科目说明并非不能侵犯的圣旨。他对《章程》的依违，不过是个人的选择。
以现今“中国文学史”的标准去责难林传甲的“国文讲义”，其中贬抑小说戏曲的观念，最为瞩目；这是京师大学堂的环境使然，也是林传甲个人的观念使然，上文已做讨论。然而，作为“中国文学史”而不讨论诗歌，即使以传统的“词章之学”立场来看，也说不过去。于此，林传甲也觉得需要解释，他在第十六篇中“李杜二诗人之骈律”一节题下说：
各国“文学史”皆录诗人名作，讲义限于体裁，此篇惟举其著者，述之以见诗文分合之渐（24）。
事实上，全书除了这篇之外，只有第九篇论屈原《楚辞》可算论及诗歌。至于第十六篇的重点所在，也是李白和杜甫的骈文，只有寥寥几句讲及杜甫的律诗古诗，看来有如虚应故事。
这种“重文轻诗”的做法，林传甲当然知道是不符“各国文学史”之意的；可是他并不很介意，只在此轻轻带过。辩解的理由又是：“讲义限于体裁。”然而，这个限制是从何而来的呢？从《奏定章程》的整个设计来看，诗赋本来就不是重点。上一章提到《奏定大学堂章程》并不鼓励“诗赋”的课习。中小学堂的“中国文学”和“中国文字”课程虽然不离写作，但却声明“学堂之内万不宜作诗”（璩鑫圭、唐良炎，3）；因为在“致用”的要求下，文比诗重要。林传甲的关怀处，就是课堂上是否需要讲习，而不是“中国文学史”要不要叙论。其取舍之由，不是很明显吗？
