3月底，杨宪益和杭立武约谈。杭立武当时已任国民政府教育部部长，而编译馆正是直属教育部的学术机构。但当时政府机构已经瘫痪，官员们一撤离，编译馆的员工就面临停发薪水、断了生计的危险。杨宪益要求杭立武为编译馆留下一定的资金作为维持员工们过渡时期的薪水。杭立武二话没说，大笔一挥为编译馆写了一个足够维持两个月工资的支票。
杭立武是留英博士，还与戴乃迭的父亲戴乐仁先生一起在中英庚款董事会做过同事，所以他把杨宪益既看成是留英的小学弟，又当作晚辈，加之他很欣赏杨宪益的才华，所以从重庆时期就一直对杨宪益很好。杭立武已经订好了第二天飞离南京的专机，他劝杨宪益同他一起走。“共产党是不会容忍知识分子的，我们听说他们已经在北京大学开始批斗教授了，”他说，“你可以带上戴乃迭和两个孩子明天和我一起离开，只是不要带太多的行李。”杨宪益谢绝了他的好意，推脱说因为戴乃迭是英国公民，情急之下他们可以躲到英国使馆，所以他还想再观望一下。
其实，他的政治倾向早已明确。
1949年，对于那些有能力选择的人们来说，去与留大多都是一个政治立场的选择。但不管是去的还是留的，都未曾想到这一决定便注定了他们后半生的命运。
1949年4月21日，中国人民解放军“百万雄师过大江”。
1949年4月23日，中国人民解放军占领南京。
杨宪益当时也激动地站在欢迎的人群中欢迎解放军进城。
从此，他积极投入到拥护新政权的各项活动中，又是身兼数职（编译馆接管工作组组长，南京市民革筹委会负责人，南京市政协副秘书长等），从早忙到晚，成了一个名副其实的政治活动家。当时，他为之工作过的地下组织被并入到国民党革命委员会，因为共产党想成立一个有民主党派的统一战线。杨宪益有的同事一心想加入共产党，而拒绝加入民主党派；杨宪益则听从党的指挥，成了民革中央筹委会的负责人。
1949年11月，他们的小女儿杨炽出生，而杨宪益当时还在忙着工作。
这是杨宪益人生中第一个会议缠身的阶段：“他的一天通常从6：30开始，先是政治学习，然后开会，往往要开到晚上10点、11点。”戴乃迭在给希尔达的信中如是说。
1949年底，北京决定把编译馆并入出版总署；1950年，编译馆取消。
这个他们为之工作了七年的编译馆，其丰厚藏书为杨宪益大量文史考证论文提供了丰富资料的宝库，在国民党撤退、共产党接管前为保护它的财产与藏书，杨宪益组织人员扛着棍棒轮流夜守的单位，一纸令下，就不复存在了。
1950年朝鲜战争爆发，美国人、英国人一下子变成了中国的敌人。在南京大学（前中央大学）任教的戴乃迭感受到了前所未有的冷落与敌意。即使如此，在杨宪益积极响应党的号召，要为朝鲜战争捐献飞机大炮，发现自己倾其所有，也凑不出购买一架飞机的钱时，是戴乃迭毫不犹豫地拿出了自己的首饰——有杨宪益在英国订婚时为她买的钻石戒指，有结婚时婆婆送的金银翡翠——变卖后凑齐了可以购买一架飞机的捐款。
解放初期，有些事情的发生让杨宪益觉得自己的观点与党的观点很不一致，虽然有些不解，但也丝毫没有动摇他对党的信任与拥护。
一件事是杨宪益在《新华日报》上看到关于“紫石英号事件”的报道，称英国军舰紫石英号在长江行驶时与中国人民解放军准备渡江的船只发生冲突，首先开火，导致中方伤亡。当时杨宪益就觉得这件事很不合逻辑，英国政府并非像美国那样支持国民党，而是保持中立；作为开往南京，为英国使馆及侨民提供保护或疏散服务的英国军舰毫无理由向解放军开火。几天后他又在英国报纸上读到关于这一事件的报道，称中国军队首先开火，紫石英号被迫还击。所以杨宪益认为一定是《新华日报》的记者搞错了，他在跟统战部的同事聊天时就谈到了这一想法，结果遭到大家的批评：你怎么能够相信帝国主义的报纸呢？你怎么可以怀疑我们自己的报道呢？这是一个政治立场问题。杨宪益当然无法和同事们争论，但他心里始终觉得自己的判断应该是正确的。
直至1989年，杨宪益才终于看到自己当初的判断得到了证实。他回忆说在《人民日报》上看到一篇前海军官员的文章，他正是当年下令向紫石英号开火的指挥官，但他没有勇气告诉记者真相，所以就把责任推到英国人身上了。
一个还有良知的人，也许无法将谎言的包袱永远背下去。
另一件事是杨宪益经手的甲骨事件。杨宪益、戴乃迭在重庆和南京期间都有许多外国朋友，其中有一位是加拿大使馆的朗宁（Chester Ronning，1894—1984）。
新中国成立后，英国很快承认了新政权，英国大使馆迁至北京。美国大使馆关闭。加拿大则举棋不定，朗宁作为加拿大的临时代办，继续滞留南京。1951年初的一天，朗宁请杨宪益和戴乃迭吃饭，席间告诉他们自己很快就要离开南京了，因为加拿大要站在美国一边。他在收拾使馆的物品时发现了一只旧柜子，装满了残骨碎片，是一位加拿大早期的传教士明义士（James Mellon Menzies，1885—1957）留下的。明义士到中国后一直致力于考古与甲骨文的研究，曾在齐鲁大学任考古学教授，发表过多部甲骨研究著作。虽然朗宁并不知道这些残骨碎片就是商代甲骨，他也完全可以随意处置这些东西，但他还是请杨宪益查看了这些骨片，问他该怎么办。杨宪益认为很可能是商代甲骨，应当把它们交给博物馆。但朗宁目前地位尴尬，因为新政权不承认国民党政府时期的外交官，所以他没有同新政府联系的渠道。他建议，如果杨宪益认为这些骨片很有价值，那么他可以让杨宪益保存它们，由他决定如何处置。
第二天，朗宁雇了一辆黄包车把这个旧柜子送到杨宪益的家里，杨宪益又打电话通知了他的老朋友，时任南京博物院副院长的曾昭燏。曾昭燏早年留学英国，主修考古学与博物馆专业。她马上派人取走了柜子，鉴定后她兴奋地给杨宪益打电话，说这正是明义士收藏的商代甲骨，四千多片只有很少量是假的，学界原以为这些甲骨早被带出境了。一向矜持寡言的曾院长难掩心中的激动，滔滔不绝地在电话那头说这些甲骨对于研究商代的历史文化有多么重大的意义，还说她要立即向北京中央政府打报告，政府一定会为这些失而复得的商代甲骨感谢、表彰杨宪益。
杨宪益是在统战部的办公室和曾昭燏通的电话。事后他的一个同事批评杨宪益不该不请示政府就私自转交了甲骨，如果他先告知了政府，那么他们就可以“控告前外国使馆私藏赃物”。杨宪益自然不理解同事的逻辑，明明是人家主动要交出来的；如果杨宪益没有接管，甲骨转到古董商手里，那后果一定是国家的损失。其实已经有人建议朗宁将甲骨偷偷卖给古董商，甚至毁掉，而不要交给新政府，免得引火烧身。
杨宪益当然没有得到政府的表彰，他受到上级的批评，说他政治上太幼稚，“让外国帝国主义特务钻了空子”。
朗宁则受到公安局反复盘查，加拿大使馆官邸也被搜查，而且离境时不仅行李被彻底搜查，甚至受到边防警察的搜身检查。
这位出生在湖北襄樊的中国通、前加拿大使馆最高外交官，就这样不无羞辱地离开了中国。但他对中国的热爱丝毫没有动摇，一直为西方社会承认中华人民共和国不懈努力，于1970年10月终于促成加拿大与中国建交。20世纪70年代他多次作为周恩来总理及其他领导人的客人访问中国。1974年朗宁在美国出版了回忆录《中国革命回忆录：从义和团运动到人民共和国》，书中提到了甲骨事件，但因为他写书时杨宪益正在狱中，朗宁谨慎地没有提名。
20世纪50年代初，杨宪益每天的会议和政治学习让他忙得昏天黑地。戴乃迭想带着孩子去乡村或海边度假的计划始终未能如愿。1952年夏，希尔达在信中介绍了他们带着孩子去海边度假的情况。戴乃迭在回信中说：我真羡慕你们的“英伦夏日”，尤其是可以到海边度假。“我太想念大海了，而我们的孩子们还从来没见过海。”戴乃迭说前几天她曾向杨宪益建议休一个礼拜的假，带着孩子们去海边，“可是杨宪益却说，如果能让他在家里睡上两天觉，他就很满足了。”
1951年初，杨宪益收到北京的调令要他和戴乃迭加入毛选翻译委员会。当时这是一项荣誉极高的工作，而且工资也很高。但是杨宪益觉得自己更想从事学术方面的工作，或者翻译古典文学，对翻译毛选不感兴趣；同时他们刚刚买了一个小平房，院子里的两棵玉兰树很快就要开花了，他很想安居乐业，有点舍不得离开。统战部的领导说，去留完全取决于杨宪益自己，并非是强制的命令，所以杨宪益选择了留下。
这一纯粹出于工作兴趣和个人生活考虑而做出的决定，事后却被人为地描上了政治色彩。几年后“拒绝翻译毛选”成了他在一次又一次的政治运动中遭受批判的“罪证”；又是很多年后，“拒绝翻译毛选”又成了他的一项伟大壮举，受到网民的大大称赞。
1952年秋初，又是一纸调令，把杨宪益、戴乃迭紧急调往北京，为“亚太区域和平会议”做翻译。他们把三个孩子交给了保姆，匆匆北上。
这是新中国主持召开的第一个国际会议，有三十七个国家的三百七十八名代表参会。政府调动了大量外语人才为大会服务。
就是在这次会议期间，杨宪益见到了许多学术界的老朋友，都是英国留学时期结识的好朋友，大家纷纷劝说他们来京。北京多个急需外语人才的机构领导也争先恐后地游说杨宪益；最后，杨宪益选择了刚刚由国际新闻局改组成立的外文出版社，因为社长刘尊棋的领导风格和宏才大略深深地打动了杨宪益。
会后，他们回到南京，卖掉了拥有时间不长的小平房，举家迁往北京。
殊不知，他们从此再也没有机会拥有自己的房子，戴乃迭想有一个带花园的房子成了她终生未能实现的梦想。
初到北京时，他们的生活和工作都是愉快的。
刘尊棋社长爱才、惜才，对杨宪益、戴乃迭的生活安排得很周到，业务上也给他们很多空间。
然而好景不长，随着一场又一场的政治运动，刘尊棋被降职、审查，直至被一顶又一顶帽子送到北大荒、半步桥、湖南省第一监狱。
最后，又一场史无前例的政治运动，把杨宪益、戴乃迭也卷了进去。
需要指出的是，20世纪50年代，戴乃迭写给朋友的信少之又少，大英图书馆的戴乃迭书信卷宗里这一期间几乎空白。那是中国闭关锁国，以西方为敌的时代，与西方朋友通信无疑是危险的，而且一定很不方便。而这一期间戴乃迭写给母亲的信，也几乎没有，据说它们毁于1979年那场熊熊烈火。
