燕王朱棣挥师入城以后，命人迅速扑灭大明宫的烈火，随即指派总管太监何治带着一哨禁卫军马，严密搜捕建文帝、马皇后以及其他嫔妃，但搜了几天一无所获。后来何治又将原来侍候过帝后的宫女抓来严刑拷问，甚至还打死了两个，但她们众口一词均说：“萃华宫的大火是马皇后督促着宫女们点燃纱幔、帏帐烧起来的。她还督着嫔妃们逐次跳入烈火之中，最后，她由老太监王钺扶着扑进火海里自焚。当时并未见到建文帝在萃华宫内。”
何治立即在大明宫的余烬中搜寻，一共发现了烧得焦糊的六具女尸和一具男尸，但那男尸却和自己一样，是个没卵子的阉货。他忙将此情况向燕王禀报。那朱棣和乃父一样，阴鸷多疑，城府极深，只是命令分拨一个千户所的兵力（一千一百十二人），组成十个百户所，仍由何治统率，像篦子一样在金陵城内外反复搜索建文帝。
朱棣又随即和工于心计的谋臣姚广孝商量，决定通过各种渠道，对外大肆宣扬，建文帝、马皇后及一众嫔妃均已投火自焚。又将那七具焦糊的尸体盛装入殓，以帝后之礼进行国葬。朱棣还当着众臣扶棺大哭，悲伤万状。此举一为压住天下士子对他“叔夺侄位”的恶评；同时也让那些企望建文帝聚师复辟、重登大宝的孤臣孽子们，从此绝望，永远死心。
何治率部反复搜索仍无结果，朱棣听后焦急万状，但他不动声色，在登皇位后，立即下令恢复在洪武后期被废置的军事特务机构——锦衣卫，以他的亲信纪纲为指挥使。而纪纲得到的第一道密旨就是“充实力量，广布校尉，密查允炆小儿行踪。如能缉之，赏黄金万两，封千户侯，世袭罔替”。
在朱棣组织力量，严密侦捕建文帝的同时，藏匿在“全庐”内的朱允炆也越来越惊恐。因为老庄主命令自己的儿子卢良才亲自带着几名精干、可靠的庄丁，尽日里在金陵城内打探消息，但传回“全庐”的净是噩耗：
建文帝的太子文奎及另外几个子女，全被新建的锦衣卫抓入“诏狱”，秘密处死。
朱允炆的三个兄弟朱允通、朱允坚、朱允熙的爵位均遭废黜，也被锦衣卫软禁，生死不明。
原兵部尚书齐泰、原太常寺卿黄子澄均已被捕回京，两家男丁（包括九岁的男孩）通通“弃市”，女眷则全部发往教坊司充当官妓。
死得最壮烈的莫过于铁铉及方孝孺二人。兵部尚书铁铉被俘后拒不降燕，斥骂燕逆之声不绝于口，最后被扔进猛火油锅，炸成焦炭。
一代宗师、文学博士方孝孺，严词拒绝为朱棣起草“即位诏书”，竟被诛灭“十族”，被杀之族亲达八百四十七人。
躲在“全庐”内的朱允炆，听到这些消息均感钻心刺骨之痛，他既为这些誓死忠贞的臣工感叹不已，同时又为自己的安危惶惶不可终日。因“全庐”仍属天畿重地，燕逆侦骑四出，日夜搜捕，显然不能久留，必须早日出走为宜。
事也凑巧，就在这个当口，一天下午，有个庄丁报告少庄主卢良才，说在陷阱内逮住了一个擅自撞庄的形迹可疑之人，陆总管已将他领到报事厅，正在盘查。少庄主听后大感惊异，因为经过“江南二祥”改造过后，庄内道路纵横，东、西、南、北四面都开有门通向外面，但由各个门进入庄院中心区的路径却各不相同。东门、西门是“之”字路，但东门是逢柳树转弯，西门是逢榆树转弯。北门、南门都是“回”形路，但北门是逢桥必过，南门是逢桥不过。若有人访问庄主或到本庄办事，迳从正门进入报事厅，自有人接待禀报，或直接处理应办事务。如有人擅自撞庄，想自由进出庄院，那么，除了轻功极佳的武林高手可以从树梢间跳跃而过外，没有不迷路或不跌入陷阱的。庄院内明岗暗哨，守卫极严。一个小山岗上设有瞭望楼，每天都有庄丁在此值班瞭望，只要有人擅入庄院，值班庄丁一经发现，立即振动通往楼下的铃铛，楼下值班的庄丁马上外出盘查，并飞报总管。庄院外围数十里内住着数百户为卢家耕种土地的庄佃，庄内有事即鸣锣报警，每家庄佃均各派一名男丁，手持武器前来维护庄院。由于组织严密，所以从卢半山年轻时算起，几十年过去了，庄院的安全从未出过大的差错，擅自撞庄的人也不多。偏巧在建文帝藏匿于此时有人撞庄，这不能不引起总管陆永祥的高度注意。所以，他一面盘查这个形迹可疑之人，一面令庄丁飞报少东家卢良才。
卢良才赶忙来见撞庄人，走进报事厅，只见椅上坐了一个身着瓦灰色裤褂、脚蹬线耳草鞋、一副货郎打扮的中年人。此人身量较矮，背有些驼，手里拿着一个拨浪鼓，身旁放着一副挑担，里面装着针头线脑、布匹绸缎、胭脂花粉之类的货物。陆永祥静静地坐在他的对面，见少庄主进来便站起身来对货郎说道：“本庄庄主到了。”货郎一听，赶忙也站起身来，卢良才快步过去，轻轻按了一下他的肩头，亲切地说：“来者是客，请坐下说话。”货郎便坐下说道：“小人王四，句容人氏，小本经营，随处贩卖少许针线、布匹杂物，养活一家老小。听说宝庄家业兴旺，庄佃众多，便想来做几笔生意，不想不识路径，竟迷失了方向，跌入了陷阱，多承这位管家关照，才把我领到这里。”他指着货郎担说，“小人的货物齐全，都是好家什，庄主若能光顾，小人感激不尽。”卢良才满脸堆笑说道：“本庄动用的杂物一向由管家到草桥乡镇上或去南京城里采购，所以平时很少有货郎来。今日王四哥既然特意来此……”说到这里，他转身对陆永祥说，“总管，你就不妨拣需要的买上一些吧，公道给价，不要亏了王四哥。买卖做完后，再派人将王四哥送出庄去，省得他再迷路走失。”陆祥应了一声“是”，庄主以目示意后便退了出去。
