“五一”长假期间，徐晓东从市中心福田区连续两天骑自行车来到先进院临时办公地点蛇口，逐个小区询问有无整栋房子出租。徐晓东利用黄澍提供的前期资讯，经过实地调查后，对比分析，将目标缩小到海滨花园、四海小区、槟榔园、南光村物业四处。徐晓东将几处有整栋楼出租的地方拍照发给在北京的樊建平和白建原，并很快得到回复，海滨花园是最理想的地方，因为这里有2栋共48套公寓，业主是日本三洋公司，原为日本技术高管住地，因工厂搬迁至宝安而空出，安有空调，环境优雅，毗邻蛇口的海上世界，距离先进院临时办公地点新时代广场步行不到五分钟。由于还在长假期间，徐晓东通过海滨花园管理处向三洋公司表达了租用意向，可对方坚持没有押金就不保留，谈了一小时仍不松口。无奈之下，徐晓东把随身带的建设银行大额信用卡押给他们，海滨花园后来成了先进院在蛇口最早租用的公寓楼之一。
“五一”刚过，樊建平他们从北京带来的10万元花光了，从深圳市科技交流中心借来的20万元、从中科院广州分院借的10万元也已一分不剩，然而租用的南山医疗器械产业园需要装修，租用的员工公寓也急需钱付款，海外回来的学者马上就会陆续报到，但由于机构没有正式批下来，连银行账户也没有，资金更是没有着落。徐晓东看在眼里，急在心上，立即找刘忠朴反映情况。刘忠朴马上放下案头工作，随徐晓东前往先进院临时办公场地和已经停工的装修现场，当下决定要先进院起草文件申请紧急拨付500万元经费，第二天去“闯”市长的门。
当时深圳市政府市长办公会议正在召开。樊建平与徐晓东在市民中心五楼会议室外等候了一个多小时后，刘忠朴从会议室走出来，从樊建平手中拿了紧急报告，深圳市领导立即批示同意。就这样，先进院筹建组得到了深圳市政府提供的第一笔真正意义上的开办费。这以后的事情就好办多了，南山医疗器械产业园三楼的办公区装修工程复工了，公寓楼也顺利租下来，海归人才陆续报到，入住海滨花园。同年4月，先进院筹建组提交的《关于申请设立深圳先进技术研究院》得到深圳市政府批复，这为此后先进院在各发展阶段获得深圳市各级部门的支持提供了依据。
2006年7月中旬，先进院搬到南山医疗器械产业园里办公，这是先进院第二个临时办公地。8月初，南山区区长刘庆生到先进院拜访中科院副院长施尔畏，说：“我们能给你们提供什么帮助呢？”施尔畏当时就说：“先进院现在最缺资金，马上要交房租啊。”刘庆生提出先给300万元扶持经费，南山区再提供蛇口电业小区首批36套人才公租房给先进院从海外引进的人才居住。从那以后，南山区政府一直对先进院的发展给予高度关注和大力支持。南山区政府为先进院迁址西丽新园区特别赠送了一座象征多学科交叉的雕塑，如今是先进院“IBT”〔IT（信息技术）与BT（生物技术）融合〕未来产业的标志，成为园区一景，这又是一段佳话。
根据共建三方早前签署的共建协议，到2009年年末筹建期结束，先进院要以自建的方式完成园区的建设。深圳市划拨的土地在南山区西丽深圳大学城东校区，土地总面积5.1万平方米。当时的地理位置算是特区内的西北角，只有两路公交线路，现场还是正在生产的简易铁皮厂房，北面小山坡是成片的果园，大沙河的故道从北到南穿过地块（现已裁弯取直，河道变成由东向西），市政路的连接靠的是村民自建的土路。王冬咨询了国土局和深圳当地的一些朋友，听到他们说这种情况如果没有三五年搞不定“三通一平”时，他心都凉了。
随着筹建组会议力度的提升，徐晓东和王冬将现场的情况向领导小组报告，深圳市政府马上组织相关的局、委、办一起商议整个工程收尾时间，就是到2009年完成基建，倒推回来就是2007年必须动工。中科院为了推动全国新建机构的建设速度，确定由全国人大常委会副委员长、中科院院长路甬祥2006年9月22日来深圳签约，现场奠基。深圳市政府根据先进院筹建组的报告，先后派出市政府三位副秘书长坐镇指挥，分别召开现场会议，快速处理和解决问题，有效地推进征地、拆迁、平整等多项工作。同时，市、区两级政府多个部门加大协调力度，甄别历史遗留问题，分类进行处理。正是这种上下一心顾全大局的精神、加速度攻坚克难的心态、串并联共同发挥作用的方式，保证了奠基场地的工作保时、保质完成。此后，先进院的园区建设速度和事业发展速度也让深圳市领导竖起大拇指，算是入乡随俗地继承了“深圳速度”。
白建原回忆：“我们保质保量完成建设任务，最后被评为全市质量优质工程。中科院领导来验收我们工程的时候评价：大楼盖起来了，队伍也成长了，这是一支廉洁高效的队伍。”
很长一段时间，樊建平上班第一件事情就是问财务：“账户上还有多少钱？花了多少钱？”单位的现金流非常紧张，几次面临揭不开锅、没有钱发工资的窘境。不难看出，先进院是在危机中长大的，或者更确切地说，它是在饥饿中长大的。早期的资金紧缺直接导致樊建平对经营效率有极为苛刻的要求，他的观念里，企业化运营是追求高效率最好的模式，因此他其实是按照企业化运营要求管理先进院的。时至今日，各个研究所负责人只能提当年计划，而不能做超过一年的计划；更早的时候，只做三个月或半年的计划。正是因为这样，先进院日后才爆发出异乎寻常的生命力。
边建设、边招聘、边科研、边产业化是先进院筹建的工作原则，先进院从一开始就演绎着“创新的故事”。2006年5月的一天，深圳新松机器人公司总经理黄孝明找到樊建平。他说，深圳市盐田港股份有限公司“港口集装箱消毒机器人”项目正在招标。原来新松公司了解到先进院正好招聘了几位研究机器人的专家，便想拉上先进院一同去盐田港竞标。双方一拍即合，决定联合投标。8月，由于新松公司和先进院的投标方案技术优势明显，在比对手投标价格高出许多的情况下仍竞标成功。此前，新松公司创新研发了多关节联动机器人，先进院的研究人员对光电识别、超声波探测进行了可行性研究和测试。双方将这些技术集成在一起，不到一个月，一种填补国内空白的新型机器人便在市场上崭露头角。头一次面向市场的技术转移就获得巨大成功，先进院平台功能初显成效。
深圳市政府对先进院的建设越来越重视，第二笔拨款800万元也按计划到位了，而樊建平带领的先进院建设速度也是非常超前，他对员工常常说的一句话是“用百米冲刺的速度跑马拉松”。先进院在短短几个月时间就把1000多万元花光了，全部用于买科研设备、招聘全球人才。令人吃惊的是，先进院各大研究中心陆续建起来了：樊建平组建了高性能计算研究中心；徐扬生组建了智能仿生研究中心；于峰崎组建了集成电子研究中心；王平安组建了人机交互研究中心；孟庆虎组建了智能传感研究中心；徐国卿组建了汽车电子研究中心；杜如虚组建了精密工程研究中心；张元亭先组建了生物医疗仪器研究中心，后来又牵头组建了生物医学与健康工程研究所（简称“医工所”）。2006年7月，樊建平率领团队拿下第一个“863”项目——华南高性能计算与数据模拟网络结点，这给先进院从世界各地回来发展的年轻研究员们极大的鼓舞。深圳市领导和中科院领导给樊建平起了一个荣耀的绰号——“拼命三郎”。
到2007年，短短一年多时间，先进院已取得一定成果：共建设了12个研究中心和4个独立研究室，举办各类学术讲座44次，成功举办电气电子工程师学会（IEEE）集成技术国际学术会议、第一届国际生物医学与健康工程研讨会，共发表论文105篇（其中75%是SCI或EI论文），申请专利25项，争取6项国家“863”项目。
筹建初期的先进院借助香港中文大学，链接全球科技人才，取得先发优势。之后，先进院在樊建平的率领下，依靠一支有理想、有激情、有实干精神的年轻团队，依靠工业研究院的定位和未来美好蓝图，吸引来一批又一批国内外科技“大牛”，在祖国南海之滨留下一段段科技创新的佳话。
