中国政府已经对德国、奥匈帝国宣战。在和德国绝交的时候，天津、汉口的德国租界，政府已经收回自己管理。设立的特别区临时管理局，现在改为特别区市政管理局，去掉“临时”两个字。天津的奥匈帝国租界，也交给内务部收管。直隶督军兼省长曹锟，按照指令一一实行。
前总统黎元洪从日本使馆回到东厂胡同，有卫队驻扎花园，保护黎元洪的安全。不料，有个叫王德禄的士兵突然发疯了一样，拿着刀见人就砍，三名卫兵被砍死，还有两名伍长被砍伤，其余卫士拿下他后，才将他枪毙。黎元洪害怕还有变故，便移居到法国医院。到了冯、段组建政府，局势缓和一些后，他才带着家属回到了天津的旧宅。
四川的战乱这时还没有被肃清。代理督军周道刚奉中央命令来到重庆，正准备调集士兵赶到成都，忽然听说四川省长戴戡被川军击毙，惊讶万分。原来刘存厚的部下都是四川军，不愿意外兵进入四川，所以先前才和罗佩金所带的云南军多次冲突，戴戡手下的贵州军当然也不受欢迎，四川军极力排斥。毕竟贵州军势单力薄，川军兵力雄厚，双方争战几天后，贵州军最后支撑不住，退出成都，刘存厚入住占据。戴戡联络前督军罗佩金和云南督军唐继尧一同进攻，又把成都夺了回来，赶走了刘存厚。
刘存厚怎么肯罢休？他收拾残兵，再次攻打戴戡，戴戡又向云南军请求支援。云南军一到，川军节节败退，戴戡想夹击川军，亲自率贵州军出城，走到秦皇寺附近，突然和败退的川军碰面，双方都好像见了仇人似的，一顿开枪乱扫，也是戴省长阳寿已尽，竟然被流弹打中，伤到了要害，返回城里医治无效后，与世长辞了。周道刚知道具体情况后，根据事实呈报中央，冯总统下令追赠戴戡陆军上将衔，按照阵亡抚恤条例，让财政部拨银一万元办理丧事，并命令周道刚查明真相，还说：“如果主谋是刘存厚，应该严厉惩办，绝不姑息。”
后来，四川财政厅长黄大暹和督军署参谋长张承礼，在两军交战的时候，仓促逃走，中弹身亡。中央政府又拨款抚恤，并命令四川军队，所有都统归周道刚管辖，授予周道刚为四川督军，刘存厚协助办理四川军务，总算暂时敷衍过去了。
被解散的国会议员，曾经都是国民党人，不赞成段总理，而且段祺瑞复任后，又不肯把议员一律召回，反而提起从前组织《约法》的参议员，打算重新召集他们。所以一群被解散的议员陆续赶到广东，在广州聚集，召开非常会议。会议上他们决定，否认中央政府，另外再组织出一个军政处。当下投票，选举民国第一任总统孙中山为大元帅。孙中山在家里闲居也没有事，就趁着选举的机会，再次就职。
孙中山就职之后，也免不了一篇通告，无非是指责段祺瑞、倪嗣冲、梁启超、汤化龙等人违法乱党，背叛民国，应该被兴兵讨伐。段祺瑞收到信后，担心其他省响应，弄得没法收拾，将来东边一个省，西边一个省，依次发难，岂不是要酿成大祸。段祺瑞左思右想，除了用武力解决外，想不出别的好办法，可一旦动武，必须先筹集军饷，然而国库早就一贫如洗，各省的税收又不能缴纳，就是有点收入，日常开销都不够，哪里还能拿出这么多钱去打仗啊！当下他和徐树铮商量，徐树铮主张向外国借钱，救燃眉之急。段祺瑞也顾不了国家负担了，连忙邀请财政总长梁启超，秘密商量借外债的事。
梁启超知道，借债打仗，弊大于利，可段总理动武的态度坚决，自己又在段氏手下做事，不好违背他，只好将这借债的担子推给财政总长李思浩，让他出去张罗。李思浩一直很擅长筹钱，接到密令后，就和英、法、俄、日四国银行团商议借款一千万元，名义上不说是军饷，说是善后的借款，银行团也只是含糊答应。英国、法国、俄国和德国、奥匈帝国一直都在交兵，耗费不可计数，自己都顾不过来，只有日本远在东亚，虽然也在协约国之列，反对德国和奥匈帝国，却没有出兵，没用过多少钱，所以四国银行团里，只有日本肯同意借款。日本正金银行理事小田切万寿，作为银行代表，愿意借款一千万，和财政部签订契约。约定要点如下：
（一）名目：垫款。
（二）金额：一千万元。
（三）利息：七厘。
（四）年限：一年。
（五）折扣：百分之七。
（六）担保：中国盐税余款。
（七）用途：行政费。
（八）用途：稽核。
（九）承借者：日本银行团。
契约签订后，一千万元稳稳地借到手。山东督军张怀芝因为多年垫付军费，总数巨大，中央又没钱归还，打算乘政府借款的时候，加一些零头，可以补贴本省的财政。于是，他和中央商量，打算向中日实业银行借日币一百五十万元，议定年利息为一分，期限一年，用中央专税担保。这就好像穷人家借钱，只顾着眼前，不管以后怎么偿还。
段祺瑞借到军饷，正准备筹办军事，平定南方，不料还没有准备好，湖南又冒出了一支独立军，和督军傅良佐抗衡，弄得长江中游也动摇起来。在傅良佐赴任湖南督军之前，湖南督军本来由省长谭延闿兼任。他是国民党人，段祺瑞担心他会联络云南、两广，所以特地命令良佐为督军，前往监督。良佐到了湖南后，谭延闿也不好抗拒，就把督军印交给了良佐。良佐权利刚到手，零陵镇守使刘建藩就被勒令撤任，这就是迅雷不及掩耳的谋略。
刘建藩无辜被撤走，当然心有不甘，于是一面和湖南第一师第二旅旅长林秀梅和零陵各区的司令商定独立，并通告中央和各省，宣告自主，脱离现政府；一面联络云南、两广和海军总司令程璧光，一起反抗傅良佐。良佐怎么肯坐以待毙？当即他就电达中央，陈述刘建藩的罪状，特派第三旅旅长李右文率兵进攻零陵。
段祺瑞明白战争一旦开始，就很难中止，这次借到的日款有一千万元，只能维持一个月左右，想要达到平定西南的目的，还需要多借一些。于是他暗中嘱咐交通银行，再向日本国的台湾、朝鲜、兴业三家银行，商借日币两千万元，经过几番努力，终于把钱借到手了。为了保证中国政府偿还本金和利息，三家银行要求在借款期间如再向其他国家借款，必须先与他们商议。此外，三家银行要求交通银行聘请台湾、朝鲜、兴业各一人为顾问。
段祺瑞凭借着这借来的三千万，可以放手一搏了。于是他请求冯总统连续下了两道命令，一是通缉广东政府大元帅孙中山、非常国会的议长吴景濂；二是通缉陆军中将蓝天蔚，说他受了孙中山的命令，勾结刘景双、顾鸿宾、马海龙、金鼎臣等人，扰乱西北，应该立即剥夺官职，严惩不贷。随后，他又召集各省的参议员到京城，组织临时的参议院，免得被人诟病。同时内务部也下令，筹备国会选举。以上的命令，都是段祺瑞一个人的主张，代任总统冯国璋无非由他传令，自己签名盖章罢了。
不过，当时的冯总统也没有心情搭理这些。总统夫人周氏，得了重病，于九月十号晚上在总统府逝世。周夫人就是周道如女士，先前在袁总统府里充当女教员，由袁总统做媒，许配给冯国璋做老婆。五十多的武夫，娶了四十左右的淑女，两人情投意合，非常恩爱。可惜，红颜薄命，昙花短暂，从民国三年一月结婚，到民国六年九月逝世，前后只有三年半，冯国璋能不悲伤吗？周女士的尸身不方便一直放在总统府里，于是择日发丧，回原籍安葬。安葬时的仪仗非常繁盛，周夫人若死后有知，也不枉费出嫁的这三年了。
冯国璋悼亡妻子后，不免见物怀人，心有余痛。偏偏这位好大喜功的段总理今天借款，明天调兵，说得天花乱坠，好像要把西南踏平一样。冯总统本来就不主张用武，不过碍于情面，不方便和段祺瑞争吵，所以，段说一件，冯就答应一件。表面上他们很融洽，其实段暗地里防着冯，冯暗地里也盯着段，彼此各怀鬼胎。
不久，京城附近一带水灾不断，永定河、南运河决口，天津、保定一些地势低的地方都被淹了，津浦铁路北段也被水冲毁，火车不能通行。山东、山西都报告受了洪灾，向中央索要款项赈济。冯总统看完来电，让段总理筹办赈济。段祺瑞决心平定西南，正为军饷的事烦得很，偏偏天公不作美，又闹出这么多天灾，没办法，段祺瑞只好嘱咐财政部，抽出几万元赈济灾区，这个地方拨一点，那个地方再拨一点。多的有一万元，少的只有几千元。可是受灾的地方太广，灾民太多，单靠这几千、一万的赈款能做什么？但段总理也管不了那么多，只能草草了事，然后一心一意想着对付西南。
谁知道军情多变，不能预料。湖南督军傅良佐派遣李右文，本来是让他去收复零陵的，偏偏李右文到了衡山，投靠了零陵军，和刘建藩串通一气，倒戈相向。傅良佐差点没气晕过去，连忙改派北军第八师师长王汝贤、第二十师师长范国璋和湖南军第二师师长陈复初会师一同前往，再次攻打零陵。
段总理接到报道，暗中运款接济，严厉督促傅良佐平定湖南。但是他担心谭延闿从中作梗，于是密嘱良佐，暗示他让谭延闿退位。谭延闿明知道段祺瑞猜疑自己，所以就是不肯辞职，只是向政府请假。段祺瑞批准了，并派周肇祥暂代湖南省长。周也是段祺瑞的心腹，和傅良佐沆瀣一气，同心协力。傅良佐得到京城军饷，运到前军犒劳军士，果然军心大振，士兵们踊跃无比。北军旅长王汝勤、朱泽黄行军到衡山、永丰境内，和零陵守军激烈交锋，连连得胜，攻占了衡山和宝庆，直逼零陵。安徽督军倪嗣冲又秘密奉段的命令，出兵援助湖南，也攻下了攸县。
湖南、安徽纷纷取得胜利，段祺瑞非常欣慰，拟写了向日本订购军械的借款，打算乘机荡平西南。当时中外谣言四起，说我国的军械将归日本掌管，所有各省的兵工厂、煤铁矿也归日本管理。于是江苏督军李纯、江西督军陈光远拍电报，请政府声明真假，免得招来群众的质疑。段祺瑞发电解释说：
谣传全属子虚，不可妄信，现惟因与德、奥宣战，拟派兵赴助协约国，自制军械，不敷应用，势不得不购自外洋，现在惟西洋英国，东洋日本，尚有余械出售，我国与美迭商，迄无成议，急事不能缓办，始就近向日本购置军械一批，需款若干，购械若干，款未交清以前，量加利息，所订合同，仅限一次为止，纯是自由购办，毫无意外牵涉。中国历来所购外国军械，具有成案可稽，本届照前办理，与主权并不少损。
李、陈两位督军接到回电，看他理由充分，也不好再质问，打算看他买的军械是不是派往欧洲的，再做定夺。
