军机章京的勤劳，皇帝每日都看在眼里，不时会有封赏。金川战事最吃紧时，乾隆突然想起来，得奖励奖励天天加班的军机章京们了，下旨称：“办理金川军务以来，军机处行走官员，皆黾勉供职，著分别等次，交部议叙。”随后军机大臣将军机章京按照出力多少，分为三个级别，造表献上，一一予以奖励。
军机章京久处中枢，与皇帝及重臣接触的机会多。常有军机章京因为办事干练，给皇帝留下深刻印象而飞黄腾达。军机大臣在外出征战时，常常会亲自点名，将自己信任而又能干的军机章京带上从军。在前线的实际历练，与军机大臣们的同甘共苦，无疑是今后仕途中的重要资本。
军机章京升迁的机会多，在科举考试中更是突出。历年科举考试中，军机章京问鼎者较多，以致当时有“历科鼎甲皆为军机处所占”之说。乾隆二十五年会试的状元毕沅、榜眼诸桐屿，都是军机章京。到了乾隆二十六年，恰逢恩科，第一名是江南赵翼，第二名是浙江胡高望，第三名是陕西王杰，第一名、第二名又是军机章京。乾隆就将第一名赵翼与第三名王杰置换。军机章京之所以在科举考试中屡屡高中，因军机处所处理事务关系时政。在八股考试之中，经过军机处浸染多年，通达政事，熟谙公文，又具文采的军机章京们自然容易高中。此外，因军机章京长期在中枢，贴近皇室，升迁的机会也更多。
自创设后，军机处对保密工作格外重视，如规定军机处工作人员不得与各部臣僚来往，在军机处服务的仆役均选不识字的少年担任，对公文也严加管理，不得私自带出。军机处直庐为禁地，虽王公大臣，未奉旨也不得擅入。
但军机处在人事制度上的弊端，决定了很难避免泄密。军机章京都是兼职，从各部选调得力人员进军机处，称“入直”。但军机章京仍须处理原衙门的事务。如军机章京程焘，原先是兵部主事，调入军机处后也得办理兵部事务，经常不来军机处值班。傅恒很恼火，抱怨道：“程焘经常不来上班，想必是留恋兵部吧？如果在兵部好，可不必再来军机处。”程焘听到后立刻收拾铺盖准备走人，傅恒一看他真要走，就赶紧过来将他挽留住。
对能干的军机章京，军机处时常请皇帝免去他们原衙门的事务，专心在军机处办事。如乾隆四十四年，军机章京孙永清本已经升任刑部郎中，但他是军机处得力干将，军机处特意奏请将他升衔留任，并请将他刑部的事务免去，专心办理军机处事务。
作为帝国的最高机构，军机处之中机会多，风险也大，一着不慎，往往有性命之虞。军机大臣如此，军机章京们也如此。在军机处历史上，军机大臣、军机章京常牵涉进泄密案件。
虽然军机处做了诸多保密工作，但由于与原衙门的联系，加上官场千丝万缕的人际关系，军机处根本不可能做到绝对保密。军机处创设之后泄密事件屡屡发生，虽再三整顿也无济于事。军机处处理的事务，有很多是地方督抚也不知道的。京师、直隶、江南、浙江等地有些小官，与军机处工作人员串通，将不发抄给督抚的公文打探出，提供给督抚以博取欢心。为此乾隆特意下谕，斥责地方督抚严加查办。
军机大臣们多年经营，编织了密如蜘蛛网般的人脉。他们的这些人脉之中，很多是巨富之家。富商们常在河边行走，难免鞋要湿掉。春江水暖鸭先知，军机大臣们得到消息之后，自然要帮忙照顾。军机大臣裘曰修与盐商牛兆泰是亲家。牛兆泰被人控告后，裘曰修立刻修书联络地方大员，嘱咐帮忙照顾。乾隆得知后，认为“军机处行走之人，尤当以慎密防闲为要”，下令免去裘曰修军机大臣职务。
因为盐商的关系，乾隆三十三年（1768），军机处发生泄密。这次泄密案件让乾隆暴怒，多名才气横溢的军机章京被贬值，送去边疆从军，最后命陨沙场。
盐政是清代最肥的官职，官员从盐商处收取贿赂，在官场中人人皆知。可索取贿赂也得遵循尺度，也就是俗语所云，吃相不能太难看。
乾隆三十三年，尤拔世出任两淮盐政使，一时顾不上吃相，急火火地跑去找盐商要银子。盐商有钱支撑，也有点骨气，有点傲气了，因中国社会，向来面子第一，大富人家，更注意吃相。尤拔世猴急地过来要银子，面子无存，吃香难看，这让盐商们也看不上，对他嗤之以鼻。
对官商勾结，侵吞帑银的积弊，尤拔世洞然于心。勒索不到银子，尤拔世使出泼皮的招数，去找乾隆揭发。尤拔世缓步渐进，盖盐商势力庞大，一不小心，可能会将自己给扳倒。他先是上奏称盐商家资丰裕，奢靡成风，请乾隆教导盐商要节俭度日。不想乾隆看了奏折后，对军机大臣道：“盐商有钱，花自己的钱再多有什么关系？奢侈点有什么不好，可以养活好多游手好闲之徒呢。尤拔世才到两淮，不晓事体，实在是谬见。”
一计不成，又生一计。尤拔世揭发前任普福与盐商勾结，贪污受贿。乾隆遂令江苏巡抚彰宝与尤拔世联合调查，不久查出普福、高恒、卢见曾等官员，利用预提盐引的漏洞捞取私利。
“盐引”是盐商经营盐业的许可证，由户部统一印制。盐商缴纳包括税款在内的盐价之后领盐引，然后凭盐引运销盐。盐引每年定量配给各地销售的，称为“正引”，卖不完的盐引称为“余引”。在有的地方，如两淮，每年的“正引”不够，就从下一年的配额里预先提取，称为“预提盐引”。
两淮地区的“正引”，每引需要缴纳三两六钱四分，但“预提盐引”仅需一两五钱。“预提盐引”与“正引”之间的差额为二两一钱，这差价本来是要纳入国库的。
两淮预提盐引始于乾隆十一年（1746），随着两淮地区人口激增，用盐量增加，遂在此年增加预提盐引。此后乾隆多次南巡江南，盐商沿途接待，耗费颇具，就将预提盐引余下的钱补贴给盐商。
从乾隆十一年至乾隆三十二年，两淮预提盐引共4计四百九十六万六千六百二十二道，余利银总值在一千零九十二万两左右。而统计下来，用在乾隆历次出巡及购买贡品上的开销，不过四百六十万两左右，尚有六百余万两的余款。由于此笔巨款如何使用没有明文规定，盐商只要把两淮盐政使摆平，就可以自行开销。
随着案件调查的深入，查出盐商曾送给高恒十三万五千两银子，又代普福垫银购办贡物，卢见曾则接受盐商玉器古玩等贿赂。案情明朗后，乾隆对涉案人员分两类情况处理。对于盐商，他虽然极为不满，但只是让盐商将侵吞的银两吐出来了事。此笔银两数目巨大，在一千万两以上，两淮盐商被勒令分九年缴清。虽然赔出了巨额款项，但盐商总算能保全了性命。
此案涉及到的官员众多，如高恒是乾隆的小舅子。卢见曾则是当时的大学者，与大学士纪晓岚又有姻亲关系。当事人都有广泛的人脉，当案情微露端倪时，就有人给他们通风报信，以早做准备。
七月，山东巡抚富尼汉前往卢见曾德州老家查抄家产，结果查出“钱数十千，并无金银首饰，即衣物亦甚无几。”富尼汉见家产中并无金银器皿，就张榜公告，请知情者自首，随即监生李容第一个出来自首，交出卢见曾藏匿的财物。
然而，李容的自首，益发让乾隆狐疑。军机处在六月二十五日发出查抄卢见曾家产的廷寄，查办此案的谕旨也未传抄发放。卢家却先后两次提前转移家产，使乾隆不解，“伊家何以早得风声？”
乾隆知道是有人泄密了，令富尼汉严刑逼供卢见曾，“令将得自何处何人，实情供吐。”不想卢见曾倒是硬气，酷刑之下却不露口风。此时卢见曾的儿子卢瑛，孙子卢荫文正在京师应试，乾隆遂下令抓起来审讯。卢荫文被捕后，吃不住拷打，遂供出真相。
纪晓岚的女儿纪韵华嫁给了卢见曾的孙子卢荫文。纪晓岚在京内朋友众多，消息灵通，得悉开始调查卢见曾之后，派家人给卢荫文送信。但纪晓岚尚不敢明言所查的是历年预提盐引，只是在信中暗示，正在查两淮盐务中的“小菜银”。“小菜银”乃是盐商给两淮盐政衙门的陋规，“每日商人供应饭食银五十两”。“小菜银”总计下来数目也不多，不会惊动纪晓岚来通风报信，卢萌文怀疑此中必有所指。
此后不久，卢荫文与军机章京王昶聊天时，问“小菜银”何指。王昶告知并非在查“小菜银”，而是历年预提盐引案事发。卢荫文探知真相后，即于六月十四日派人回家送信，让转移家产。此外，军机章京赵文哲、徐步云，刑部司员黄骏昌等人，也均泄漏了调查两淮预提盐引的消息。
此案由军机大臣刘统勋负责查办。刘统勋此年在军机处汉人大臣中排名第一，有望在未来成为首席军机大臣。纪晓岚、王昶均是刘统勋的学生，且与刘统勋的儿子刘墉是好友，赵文哲、徐步云也都是军机处的职员，可以说都是老熟人。刘统勋为官清廉，不徇私情，初入官场时虽官卑位微，却敢上书弹劾当时的军机大臣张廷玉、讷亲，奠定了他在乾隆心中的地位。对于此案，刘统勋在处理时不敢徇私，只能加以严惩。
此案牵连官员甚多，前后三任盐运使高恒、普福、卢见曾被以侵吞盐引余息，接受贿赂罪处死。纪晓岚因为泄密被发配乌鲁木齐，在伊犁养了条叫做四儿的狗。两年后纪晓岚回京，这条狗一路追随，不离不弃，为此纪晓岚特意作诗称颂。
军机处中，军机章京徐步云被发往伊犁，军机章京赵文哲、王昶则被发配到阿桂军中，参与缅甸战事。王昶、赵文哲都是上海人，与钱大昕等人并称“江南七子”，在军机处本前途无量，不想因为泄密被贬。
